A proposta de código florestal entregue ao congresso sugere a redução nas áreas vegetadas às margens de rios com menos de 5 m de largura. A redução das matas ciliares legalmente protegidas será de 30 m a partir da margem do rio na cheia para 15 m a partir da margem do rio na seca para cada lado. Os rios mais afetados por esta mudança seriam os de cabeceira, rios já muito degradados por pastagens e assoreamento.

Metade das espécies de anfíbios da Mata Atlântica são restritas a este ambiente, 45 espécies de peixes ameaçados de São Paulo só ocorrem nestes riachos de cabeceira, sem falar em borboletas, mamíferos semi-aquáticos e plantas restritos a este ambiente. As matas ciliares servem de corredores para a dispersão de vegetais e conexão de populações isoladas pela fragmentação da paisagem, impactos em áreas de cabeceira descem os rios com a correnteza afetando-os como um todo. Impactos aí podem resultar em epidemias de dengue e hantavirose, entre outras doenças.

A preservação das matas ciliares e seu referencial a partir da margem do rio na cheia são essenciais para a manutenção destes ambientes e de outros que dele dependem. Em vez de reduzir a área de reserva às margens dos rios o novo código florestal deveria estimular sua recuperação.