As plantas acumulam silício majoritariamente como opala-A (SiO2.nH2O) ou opala biogênica, na forma de corpos silicosos ou fitólitos, embora algum silício seja encontrado também sob a forma de cadeias oligoméricas. A palavra “fitólito” é uma união dos termos gregos significando “planta” e “pedra”, sendo assim pedras produzidas por plantas, modernamente biominerais. Como foi dito acima, são predominantemente compostos de sílica, embora possam conter impurezas em maior ou menor grau, e suas dimensões são semelhantes às da fração silte do solo (tamanho variando entre 0,002 e 0,05 mm). As deposições de sílica biogênica (fitólitos) nos vegetais podem ocorrer em folhas, sementes, frutos, raízes e madeira, dentro das células ou na parede celular. As principais acumuladoras de silício e produtoras de fitólitos são as gramíneas, mas outras famílias de monocotiledôneas e algumas dicotiledôneas também acumulam quantidades expressivas de sílica e algumas morfologias de fitólitos são únicas o bastante para possibilitar a identificação das plantas produtoras no nível de família e às vezes de gênero. Esta possibilidade tem sido extremamente útil para arqueólogos e paleontologistas. Os primeiros têm sido auxiliados na identificação de atividades agrícolas pretéritas bem como na identificação dos períodos e locais de domesticação de uma série de espécies vegetais pela identificação de fitólitos em sítios arqueológicos. O uso de fitólitos por paleontólogos já foi discutido aqui.
A presença de silício nas plantas, pelo fato de a fase sólida do solo ser basicamente composta por minerais de alumínio e silício, seria esperada apesar de não ser necessariamente inevitável. O alumínio também está presente em praticamente todos os solos e apesar disto um número muito grande de espécies vegetais possuem mecanismos de exclusão de alumínio, por ele ser em geral tóxico às plantas, principalmente em solos ácidos. Apesar de o silício ser o segundo elemento mais abundante na crosta terrestre, sua contribuição na composição química dos organismos é relativamente pequena, enquanto o carbono, quimicamente muito semelhante ao silício, mas cuja abundância é muitíssimo menor, é o principal componente dos seres vivos.
Na solução do solo, abaixo de pH 9, o silício se encontra principalmente na forma de ácido silícico neutro (H4SiO4 ou Si(OH)4), aparentemente única forma absorvida pelas plantas. A concentração de Si nas folhas da liteira (manta orgânica) em solos de florestas tropicais varia de 0,05 a 25 mg/g de matéria seca.