Como uma proteína chega à sua forma? Pergunte ao seu PS3!

Você é gamer e não aguenta mais ouvir reclamações sobre o seu vício grande comprometimento com jogos? Bote seu hardware para ajudar pesquisadores e ganhe a oportunidade de devolver um sonoro “pelo menos meu equipamento também ajuda no progresso científico, e a sua novela?!” para algum pentelho de plantão.

Para isso, basta participar do projeto Folding@Home, idealizado pela Universidade Stanford.

Lançado em Outubro de 2000, tem como objetivo simular o enovelamento de proteínas e compreender como elas atingem sua estrutura tridimensional de modo tão rápido e, ainda assim, bastante confiável.

As proteínas, como sabemos, são fundamentais à vida. A queratina, por exemplo, é uma proteína importante de nossas unhas e cabelos, os anticorpos que garantem nossa defesa contra infecções são proteínas e só conseguimos respirar oxigênio de modo eficiente porque outra proteína, a hemoglobina, se encarrega de transportar e trocar oxigênio e gás carbônico em nosso corpo.

Exemplificando apenas uma fração de suas funções é fácil entender sua importância e imaginar que, caso ocorra algum defeito em determinada proteína, problemas podem surgir. É o que acontece nas doenças da vaca-louca (chamada, na verdade, de Encefalopatia Espongiforme Bovina), de Alzheimer, Parkinson e muitas outras. Entender como cada proteína adquire sua forma é fundamental para a comprenssão e talvez até para o tratamento de um grande número de doenças.

O problema
Para se pesquisar o enovelamento dessas moléculas são necessários computadores muito potentes caros. Além disso, é um processo bastante demorado. Apesar de algumas proteínas serem “montadas” em um milésimo de segundo, uma simulação de computador é muito complexa.

Um dia de computação é suficiente para simular 1 nanosegundo (um milionésimo de segundo), mas como o enovelamento ocorre aproximadamente em 10 microsegundos, ou seja, 10 mil nanosegundos. Nesse ritmo, a simulação acima demoraria algo em torno de 10 mil dias… mas quem tem 30 anos para esperar pelo resultado de um experimento?

A solução
É aqui que entra o Folding@Home e você, da sua casa, pode contribuir: para se dimunir esse tempo de espera absurdo é preciso “apelar” para algo chamado dinâmica distribuída.

O grupo do projeto desenvolveu algoritmos que dividem o trabalho de simulação por múltiplos processadores. Cada participante do projeto que descarrega o software do Folding@Home em seu computador/PS3 conecta seu hardware a um supercomputador virtual encarregado de rodar esses processos!

Veja abaixo um dos resultados gerados na dinâmica molecular feita no projeto. Não parece, mas o pequeno vídeo abaixo é resultado de meses (pelo menos) de trabalho:

Abaixo, um vídeo hilário que ensina donos de sonho de consumo PlayStation 3 a participarem:

A página principal do projeto é http://folding.stanford.edu/English/Main, conheça mais e faça parte dessa grande iniciativa!