{"id":156,"date":"2011-01-28T20:35:44","date_gmt":"2011-01-28T22:35:44","guid":{"rendered":"http:\/\/synbiobrasil.org\/?p=156"},"modified":"2011-01-28T20:35:44","modified_gmt":"2011-01-28T22:35:44","slug":"biobricks-fabricacao-de-uma-parte-padrao","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/2011\/01\/28\/biobricks-fabricacao-de-uma-parte-padrao\/","title":{"rendered":"BioBricks: fabrica\u00e7\u00e3o de uma parte padr\u00e3o."},"content":{"rendered":"

\"\"<\/a>At\u00e9 agora comentamos sobre a possibilidade de juntar diferentes componentes utilizando o padr\u00e3o t\u00e9cnico de montagem dos BioBricks. Mas neste post vou comentar sobre a fabrica\u00e7\u00e3o de uma parte padr\u00e3o. No futuro, eu\u00a0pretendo comentar sobre a s\u00edntese de DNA sint\u00e9tico, mas agora\u00a0vou explicar como montar um BioBrick utilizando o m\u00e9todo de PCR<\/a>. O aparelho para realizar um PCR, o termociclador,\u00a0est\u00e1\u00a0presente na maioria dos laborat\u00f3rios de biologia molecular, e hoje se apresenta como uma ferramenta b\u00e1sica para este tipo de atividade. Existem centenas de livros e sites na Internet que podem te familiarizar com a t\u00e9cnica. Primeiramente, um BioBrick\u00a0pode ser constru\u00eddo via PCR se existe algum molde de DNA do qual o BioBrick\u00a0possa ser amplificado (por ex., um gene de alguma bact\u00e9ria)\u00a0ou se a parte \u00e9 pequena o suficiente que possa ser criada atrav\u00e9s do alinhamento e extens\u00e3o do primer (iniciador). Nos dois casos \u00e9 necess\u00e1rio adicionar na extremidade 5′ dos primers as sequ\u00eancias referentes aos s\u00edtios das enzimas de restri\u00e7\u00e3o presentes nos BioBricks, os sufixos e prefixos (ver post anterior<\/a>).<\/p>\n

A constru\u00e7\u00e3o de BioBricks contendo sequ\u00eancias codificadoras de prote\u00ednas requer um sufixo e um prefixo um pouco mais especializados por duas raz\u00f5es:<\/p>\n

1. o prefixo \u00e9 alterado para garantir o espa\u00e7amento entre o s\u00edtio de liga\u00e7\u00e3o do ribossomo e o c\u00f3don ATG de in\u00edcio.<\/p>\n

2. BioBricks que codificam prote\u00ednas possuem, por padroniza\u00e7\u00e3o, dois c\u00f3dons de sequ\u00eancia TAA de parada.<\/p>\n

Ao\u00a0construir os primers, basicamente, \u00e9 necess\u00e1rio “copiar e colar” a seguinte sequ\u00eancia de\u00a031 bp\u00a0no fim 5′ no seu primer upstream (ou iniciador universal) desenhado para o seu fragmento de DNA de interesse:<\/p>\n

5′ —> 3′
\nGTT TCT TCG AAT TCG CGG CCG CTT CTA G ATG…
\nstart codon (no caso de um gene)
\nE “copiar e colar” os seguintes 35 bp no fim 5′ do seu primer downstream (iniciador reverso):<\/p>\n

5′ —> 3′
\nGTT TCT TCC TGC AGC GGC CGC TAC TAG TA TTA TAA<\/span>….
\nduplo stop codon!<\/p>\n

A estas sequ\u00eancias deve-se somar aproximadamente 20 bp de sequ\u00eancia de primer relativa a regi\u00e3o codificadora. Para este tipo de clonagem se utiliza uma Taq polimerase com alta fidelidade e um kit de clonagem TOPO-TA cloning<\/a>.<\/p>\n

Claro que todas as outras precau\u00e7\u00f5es para se desenhar um primer ainda s\u00e3o v\u00e1lidas, como a verifica\u00e7\u00e3o de s\u00edtios de restri\u00e7\u00e3o nas sequ\u00eancias. Para mais detalhes, veja o protocolo disponibilizado para a fabrica\u00e7\u00e3o de BioBricks<\/a>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

At\u00e9 agora comentamos sobre a possibilidade de juntar diferentes componentes utilizando o padr\u00e3o t\u00e9cnico de montagem dos BioBricks. Mas neste post vou comentar sobre a fabrica\u00e7\u00e3o de uma parte padr\u00e3o. No futuro, eu\u00a0pretendo comentar sobre a s\u00edntese de DNA sint\u00e9tico, mas agora\u00a0vou explicar como montar um BioBrick utilizando o m\u00e9todo de PCR. O aparelho para […]<\/p>\n","protected":false},"author":498,"featured_media":164,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_monsterinsights_skip_tracking":false,"pgc_sgb_lightbox_settings":"","_vp_format_video_url":"","_vp_image_focal_point":[],"footnotes":""},"categories":[5,20],"tags":[66,98,287,359,362,401,512],"class_list":["post-156","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-biobricks","category-pcr","tag-biobricks-por-pcr","tag-biotijolos","tag-igem","tag-montagem-de-biobricks","tag-montagem-de-uma-parte-padrao","tag-parte-padrao","tag-sintese-de-biobrick"],"jetpack_featured_media_url":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/wp-content\/uploads\/sites\/246\/2011\/01\/trator.jpg","_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/156","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/wp-json\/wp\/v2\/users\/498"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=156"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/156\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/wp-json\/wp\/v2\/media\/164"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=156"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=156"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=156"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}