{"id":375,"date":"2011-02-20T18:02:57","date_gmt":"2011-02-20T18:02:57","guid":{"rendered":"http:\/\/synbiobrasil.org\/?p=375"},"modified":"2011-02-20T18:02:57","modified_gmt":"2011-02-20T18:02:57","slug":"bancos-de-dados-genbank-homologos-e-ortologos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.blogs.unicamp.br\/synbiobrasil\/2011\/02\/20\/bancos-de-dados-genbank-homologos-e-ortologos\/","title":{"rendered":"Bancos de dados, GenBank, hom\u00f3logos e ort\u00f3logos."},"content":{"rendered":"<p>Este final de semana montei uma nova p\u00e1gina do synbiobrasil, na qual reuni os principais bancos de dados (<a href=\"http:\/\/synbiobrasil.org\/databases\/\">http:\/\/synbiobrasil.org\/databases\/<\/a>)\u00a0de informa\u00e7\u00f5es biol\u00f3gicas \u00fateis para pesquisas.<\/p>\n<p>Vou dar um exemplo de como utilizar o GenBank, que \u00e9 um banco de dados de sequ\u00eancias de DNA e de amino\u00e1cidos\u00a0do Centro Nacional de Informa\u00e7\u00e3o Biotecnol\u00f3gica dos EUA. Al\u00e9m de concentrar informa\u00e7\u00f5es sobre o sequ\u00eancias gen\u00e9ticas\u00a0de milhares de seres vivos, o NCBI fornece uma s\u00e9rie de ferramentas para trabalhar com essas informa\u00e7\u00f5es. Uma delas \u00e9 o Blast (<a href=\"http:\/\/blast.ncbi.nlm.nih.gov\/Blast.cgi\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">basic local aligment search tool<\/a>) que permite encontrar similaridades entre sequ\u00eancias de DNA.<\/p>\n<p>Vamos a um exerc\u00edcio:<\/p>\n<p>1. Entre no site: <a href=\"http:\/\/blast.ncbi.nlm.nih.gov\/Blast.cgi\">http:\/\/blast.ncbi.nlm.nih.gov\/Blast.cgi<\/a><\/p>\n<p>2. Escolha a op\u00e7\u00e3o Nucleotide Blast: para realizarmos uma compara\u00e7\u00e3o entre uma sequ\u00eancia de nucleot\u00eddeos com o banco de dados do GenBank<\/p>\n<p>3.\u00a0 Recorte e cole esta sequ\u00eancia de DNA (sequ\u00eancia de DNA humano):<\/p>\n<p>1 ggcacgtgac ggtcgggccg cctccgcctc tctctttact gcggcgcggg gcaagatcat<br \/>\n61 ggaagggaag tggttgctgt gtatgttact ggtgcttgga actgctattg ttgaggctca<br \/>\n121 tgatggacat gatgatgatg tgattgatat tgaggatgac cttgacgatg tcattgaaga<br \/>\n181 ggtagaagac tcaaaaccag ataccactgc tcctccttca tctcccaagg ttacttacaa<br \/>\n241 agctccagtt ccaacagggg aagtatattt tgctgattct tttgacagag gaactctgtc<br \/>\n301 agggtggatt ttatccaaag ccaagaaaga cgataccgat gatgaaattg ccaaatatga<br \/>\n361 tggaaagtgg gaggtagagg aaatgaagga gtcaaagctt ccaggtgata aaggacttgt<br \/>\n421 gttgatgtct cgggccaagc atcatgccat ctctgctaaa ctgaacaagc ccttcctgtt<br \/>\n481 tgacaccaag cctctcattg ttcagtatga ggttaatttc caaaatggaa tagaatgtgg<br \/>\n541 tggtgcctat gtgaaactgc tttctaaaac accagaactc aacctggatc agttccatga<br \/>\n601 caagacccct tatacgatta tgtttggtcc agataaatgt ggagaggact ataaactgca<br \/>\n661 cttcatcttc cgacacaaaa accccaaaac gggtatctat gaagaaaaac atgctaagag<br \/>\n721 gccagatgca gatctgaaga cctattttac tgataagaaa acacatcttt acacactaat<br \/>\n781 cttgaatcca gataatagtt ttgaaatact ggttgaccaa tctgtggtga atagtggaaa<br \/>\n841 tctgctcaat gacatgactc ctcctgtaaa tccttcacgt gaaattgagg acccagaaga<br \/>\n901 ccggaagccc gaggattggg atgaaagacc aaaaatccca gatccagaag ctgtcaagcc<br \/>\n961 agatgactgg gatgaagatg cccctgctaa gattccagat gaagaggcca caaaacccga<\/p>\n<p>4. Em database, escolha a op\u00e7\u00e3o &#8220;Nucleotide collection&#8221;<\/p>\n<p>5. Clique em Blast no final da p\u00e1gina e aguarde a atualiza\u00e7\u00e3o da p\u00e1gina.<\/p>\n<p>Pronto, voc\u00ea acaba de comparar uma sequ\u00eancia de DNA humano com o banco de dados do GenBank. Isto permite que voc\u00ea compare o gene humano com todos os genes do banco de dados. Voc\u00ea pode ver que existem vers\u00f5es do mesmo gene para ratos, camundongos, galinhas,&#8230;<\/p>\n<p>Com esses resultados podemos discutir alguns conceitos interessantes:<\/p>\n<p>O que \u00e9 um gene hom\u00f3logo?<\/p>\n<p>O gene hom\u00f3logo a outro quer dizer que eles possuem um ancestral em comum, refletido na sua\u00a0sequ\u00eancia de DNA comum. Se comparar as sequ\u00eancias de DNA, voc\u00ea vai ver que existem regi\u00f5es entre o humano e o rato que possuem regi\u00f5es id\u00eanticas, que provavelmente se mantiveram conservadas do ancestral comum (ou convergiram para a mesma sequ\u00eancia ao longo do tempo).<\/p>\n<p>O que \u00e9 um gene ort\u00f3logo?<\/p>\n<p>Um gene ort\u00f3logo de um outro significa que eles s\u00e3o de esp\u00e9cies diferentes, (1) que possuem um ancestral comum e (2) a prote\u00edna codificada por este c\u00f3digo gen\u00e9tico manteve suas propriedades e fun\u00e7\u00f5es. Voc\u00ea pode verificar isto, ao\u00a0pegar um gene hom\u00f3logo humano e coloc\u00e1-lo em uma levedura com o gene hom\u00f3logo inativado. Se por acaso,\u00a0o gene humano restabelcer o comportamento normal da levedura, voc\u00ea saber\u00e1 que aquele gene manteve sua fun\u00e7\u00e3o e pode ser considerado um ort\u00f3logo \u00e0quele gene hom\u00f3logo de levedura.<\/p>\n<p>O que \u00e9 uma enzima?<\/p>\n<p>Uma enzima \u00e9 prote\u00edna que atua como um catalisador qu\u00edmico, que aumenta a velocidade ou facilita uma rea\u00e7\u00e3o qu\u00edmica. Uma enzima chamada glicosidase, por exemplo, quebra liga\u00e7\u00f5es qu\u00edmicas encontradas em a\u00e7\u00facares, uma protease quebra prote\u00ednas, uma quinase adiciona fosfatos (PO4) a uma prote\u00edna, &#8230;. Prote\u00ednas est\u00e3o envolvidas no metabolismo, na sinaliza\u00e7\u00e3o celular, etc&#8230;<\/p>\n<p>Bacana n\u00e9? Existe um monte de informa\u00e7\u00e3o dispon\u00edvel nesses sites que podem ser acessadas gratuitamente para qualquer tipo de pesquisa! Bom proveito.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Este final de semana montei uma nova p\u00e1gina do synbiobrasil, na qual reuni os principais bancos de dados (http:\/\/synbiobrasil.org\/databases\/)\u00a0de informa\u00e7\u00f5es biol\u00f3gicas \u00fateis para pesquisas. Vou dar um exemplo de como utilizar o GenBank, que \u00e9 um banco de dados de sequ\u00eancias de DNA e de amino\u00e1cidos\u00a0do Centro Nacional de Informa\u00e7\u00e3o Biotecnol\u00f3gica dos EUA. 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