Basicamente, a história se baseia em torno de um grupo considerado “ecoterrorista” que visa impedir uma organização de destruir o planeta. Tal organização é a Companhia Elétrica Shinra, que controla o mundo e que também fornece energia as pessoas.
As ações desta empresa, as quais se resumem a extração de energia, são uma das responsáveis pela crise do planeta. Tanto que ao decorrer do jogo você enfrenta várias consequências da crise gerada por essa empresa. Consequentemente, o planeta cada vez mais danificado vai dificultando a vida do jogador, com seus mecanismos de defesa ativados cada vez que este se encontra em risco.
