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  • Symyx Draw – O Symyx Draw é um ótimo programa gratuito disponível apenas para Windows, que pertence à categoria Software de ciência e educação com subcategoria Física e Química e foi criado pela Symyx.
  • Bioclipse – Bioclipse edita e projeta estruturas biológicas para pesquisas em geral, embora tenha sido desenvolvido especialmente para o estudo de cadeias de proteínas, moléculas, etc.
  • Avogadro  – Avogadro desenha diferentes composições moleculares em três dimensões, mostrando todas as perspectivas possíveis. A melhor coisa sobre este programa está na manipulação e animação das moléculas que podem ser desenhadas.