Nobel de química 2015 em infográficos

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Muita coisa depende do DNA. Ele guarda informa√ß√£o para fazer prote√≠nas, e isso ele faz nossa vida inteira. E al√©m de ter que durar muito ele ainda se estressa demais, porque cada vez que a c√©lula vai se duplicar, o DNA tem que separar as suas fitas e fazer uma c√≥pia de cada. Quando vai mandar a mensagem pra fazer prote√≠nas, ela se abre para copiar o peda√ßo que interessa. Esse abre e fecha vai danificando o pobre do DNA. Al√©m disso ainda tem radicais livres e radia√ß√Ķes como a UV que detonam ainda mais a pobre da mol√©cula.

Se n√£o tivesse como arrumar, o DNA se desfaria rapidinho. E quando isso acontece os resultados podem ser dois: c√Ęncer ou envelhecimento precoce.

Mas calma, temos os ganhadores do Nobel de química de 2015 para nos ajudar! Eles descobriram mecanismos de reparo que as células têm para corrigir os erros.

E cada um descobriu um tipo de reparo, j√° que pra cada tipo de dano tem um tipo de reparo. √Č como um carro que se levou uma batida voc√™ leva no funileiro, se for motor, no mec√Ęnico, e se for el√©trico, s√≥ resolve uma autoel√©trica. No caso do DNA os danos s√£o reparo por excis√£o de bases (base excision repair), reparo por mau pareamento (mismatch repair), e reparo por excis√£o de nucleot√≠deos (nucleotide excision repair).

O infogr√°fico que eu fiz al√≠¬†acima mostra quem descobriu qual tipo de reparo. Claro que tem muito mais gente pesquisando sobre isso. Ali√°s, qualquer coisa sobre c√Ęncer pode apostar que tem muita gente pesquisando, porque √© um assunto importante, complexo e muito interessante.

A própria organização do prêmio Nobel fez esquemas para mostrar como funciona cada tipo de reparo, o que eu achei bem legal da parte deles.

base excision repair

mismatch repair

nucleotide excision repair

E aqui um infográfico de um site muito bacana, o Compound Interest, que só faz infográficos de química. Muito bons e nada chatos, mas em inglês.

2015-Nobel-Prize-in-Chemistry

Publicado originalmente em inglês no blog do Mind the Graph

Saiba mais:

Reportagem da Revista FAPESP

http://www.compoundchem.com/nobel2015/

Nobelprize.org

Ferramente de infografia que usei: Mind the Graph

Dando um direto no DNA do Parkinson

Caramba. As vezes a gente recebe uns e-mails bem malucos e até demora pra cair a ficha do que se trata. Recebi um email pedindo para fazer como Muhammad Ali, o boxeador: mandar meu cuspe pelo correio para ajudar na luta contra a doença de Parkinson.

QUÊ?!

Pior que é isso mesmo. Esta é uma campanha de uma empresa de sequenciamento de DNA, a 23andMe que oferece um serviço de sequenciamento parcial do DNA de qualquer um que tiver 299 dólares para pagar [já falei dela, veja mais aqui].

Agora ela est√° com esta campanha para que pessoas com Parkinson mandem sua amostra gratuitamente para que seja usada em pesquisas m√©dicas. J√° foram enviadas at√© agora mais de 6mil amostras, mas eles querem que chegue a 10mil para ter um n√ļmero relevante para a pesquisa. E parece que j√° acharam dois novos genes ligados √† doen√ßa.

Claro que é uma campanha de marketing, principalmente porque esse serviço de sequenciamento foi muito discutido há pouco tempo pela polêmica se deveria ser livre para quem quisesse ou se só poderia ser pedido por um médico que sabe interpretar esses dados genéticos.

Esse fato não diminui a ideia fantástica de contribuir com uma pesquisa relevante e o mais legal de tudo isto que é incitar as pessoas a colaborarem diretamente com a ciência da coisa.

Bioinform√°tica: o emprego do futuro.

Bioinformatics logo

Comecei a falar de bioinform√°tica (bioinfo) no post passado, e continuarei falando dela aqui porque n√£o s√≥ √© uma √≥tima dica de carreira cient√≠fica como √© uma necessidade cient√≠fica e social estimular essa carreira pela import√Ęncia que ela tem e ter√° no futuro para ampliar nosso conhecimento.

Porque h√° tantos projetos?

Quando come√ßamos na carreira cient√≠fica geralmente √© assumindo um projeto, de inicia√ß√£o cinet√≠fica, mestrado ou doutorado direto, e muitas pessoas podem parar por a√≠ por n√£o encontrarem um orientador com projetos que o interessem no momento. Em bioinfo isso n√£o acontece pois os projetos surgem aos borbot√Ķes e nas mais diversas √°reas, afinal a quantidade de dados que surge √© imensa e sempre d√° pra tirar algo novo de um banco de dados que j√° existe, onde a informa√ß√£o est√° l√°, esperando para ser minerada, e novos dados est√£o sempre surgindo em velocidade cada vez maior, com os novos sequenciadores, por exemplo. Assim, projetos nunca faltar√£o, e as bolsas junto com eles.

Porque h√° t√£o pouca gente?

Esse é o maior gargalo da área: achar bioinformatas. Isso se explica por dois fatos principais: 1- biólogos não gostam de exatas e nem de programação; 2- computeiros até gostam de biologia, mas ganham muito mais em outras áreas como recem-fromados.

Assim, quem cobre esta área são na maioria físicos e matemáticos. Mas há sim computeiros e biólogos, claro, e estes se destacam bem se aprendem o outro lado da moeda bio/info.

O que preciso saber para ser bioinformata?

Hoje em dia, pelo desespero das institui√ß√Ķes por bioinformatas, voc√™ n√£o precisa de nada, s√≥ gostar de pelo menos duas dessas √°reas e n√£o chegar a odiar nenhuma delas: biologia, programa√ß√£o, estat√≠stica e matem√°tica. Voc√™ ter√° um ano ou dois para aprender o que lhe faltar nessa equa√ß√£o tocando um projeto de mestrado. Mas as √°reas de interesse s√£o estas que eu mencionei. Claro que quanto mais preparado voc√™ estiver mais chances ter√°, por isso segue aqui a dica de onde encontrar cursos de especializa√ß√£o de interesse com nosso parceiro Educaedu Brasil.

Uma √°rea nova e promissora

A bioinfo √© nova no Brasil, estamos na segunda gera√ß√£o de bioinformatas se considerarmos que o projeto genoma da Xylela foi o que introduziu o Brasil na biologia molecular contempor√Ęnea criando a primeira gera√ß√£o de bioinformatas (direta ou indiretamente), tais como Emmanuel Dias-Neto, Helena Brentani, Sandro Souza, Anamaria Camargo e Paulo Oliveira. Esses s√£o s√≥ os que eu conhe√ßo, mas olhar o lattes deles j√° pode dar uma id√©ia das possibilidades da carreira.

E sobram vagas de alto nível para pesquisadores nesta área. O Hospital AC Camargo e o INCOR, ambos hospitais fortes em pesquisa que perderam recentemente seus bioinformatas, têm dificuldade de encontrar alguém para esta posição.

Então meu filho, sente aí e aprenda a programar.

Super-Sequenciamentos de DNA e a lei de Moore

Dia 19 de abril √© o anivers√°rio da Lei de Moore que diz, segundo a Wikipedia “…[em 1965] o ent√£o presidente da Intel, Gordon E. Moore fez sua profecia, na qual o n√ļmero de transistores dos chips teria um aumento de 100%, pelo mesmo custo, a cada per√≠odo de 18 meses. Essa profecia tornou-se realidade e acabou ganhando o nome de Lei de Moore.”

Lei_de_moore_2006.svg

fig: A evolução dos precessadores e a lei de Moore

Uma profecia e tanto, porque é um ritmo frenético, concorda? Eu ainda lembro quando jogava Space Invaders no meu XT sei-lá-o-que na tela fósforo verde.

O engraçado é que, sem saber do aniversário, eu ouvi sobre a lei de Moore essa semana. Mais do que isso, ouvi sobre algo que anda mais rápido que a lei de Moore: a potência do sequenciamento de DNA.

O RNAm foi convidado para o lançamento da nova tecnologia de sequenciamento da Life Technologies, o Ion Torrent. Muito legal a tecnologia e parece que vai revolucionar a área de sequenciamento mesmo. Se você é da área entre no link caso se interesse, vale a pena (como não sou da área, não vou entrar em detalhes). Só vou dizer uma coisa: essa coisa consegue detectar a mudança de pH gerada pela liberação de hidrogênio quando uma base, A,T, C ou G se liga à fita a ser sequenciada!

Bom, neste evento foi citada a lei de Moore para compará-la com a evolução da tecnologia de sequenciamento. Veja aqui a comparação do custo de um genoma e o custo dos processadores:Sequencing graphs to slides

Isso muda muita coisa. Com sequenciamentos baratos e rápidos, áreas como a epidemiologia vão mudar, e já estão mudando muito. Técnicas como arrays irão aos poucos sumir, dando lugar ao todo-poderoso, direto e inequívoco sequenciamento.

E j√° tem muita gente no Brasil fazendo muita coisa com sequenciamento. Duas palestras muito interessantes: uma com o pessoal da bioinform√°tica da FioCruz, o Cebio, que oferecem uma estrutura de an√°lise e planejamento de sequenciamento e tem parcerias com v√°rios pesquisadores e empresas; outra coisa interessante √© a Rede Paraense de Gen√īmica e Prote√īmica, da UFPA, um centro com muita estrutura e colabora√ß√Ķes, isso tudo fora do sudeste.

Esses dois centros s√£o muito importantes, sabe porque? Porque m√°quinas como o Ion Torrent est√£o deixando o sequenciamento cada vez mais f√°cil, mas o que fazer com aquele monte de letras ACTG? O funil do conhecimento nessa √°rea √© a an√°lise, e por isso esse knowhow destes centros vale ouro. Bioinform√°tica vale ouro. √Č emprego certo porque pouqu√≠ssima gente tem o conhecimento necess√°rio (essa √© a frase que eu mais ou√ßo ultimamente em todas as √°reas no Brasil). Tamb√©m, precisa entender de biologia, matem√°tica e programa√ß√£o, mas bi√≥logos n√£o suportam exatas, e exatos, bem, at√© gostam de bio, mas ganham muito mais em inicio de carreira em outras √°reas do mercado de trabalho.

Ent√£o veremos o que fazer com as toneladas de dados gerados pelos simples, r√°pidos e baratos sequenciamentos.

Pesquisas mais importantes em c√Ęncer: as malignas c√©lulas-tronco, o genoma e a imunologia.

Cancer novidades

Nesta semana a famosa revista Nature Medicine lan√ßou um n√ļmero com foco em c√Ęncer, e mostra o resultado de uma pesquisa que perguntou aos pesquisadores da √°rea de c√Ęncer quais os trabalhos mais importantes dos √ļltimos dois anos (2008-2010) [est√° em ingl√™s mas tem conte√ļdo livre]. √Č importante saber o que esse pessoal acha importante porque essas pesquisas, mesmo que bem b√°sicas ainda e na sua maioria longe de se tornarem tratamentos para uso da popula√ß√£o, v√£o moldar o futuro do combate a essa doen√ßa.

Veja aqui os temas mais quentes na opini√£o dos pesquisadores.

  • C√©lulas-tronco de c√Ęncer ‚Äď J√° a algum tempo se sabe que apenas algumas c√©lulas de um tumor t√™m a capacidade de se multiplicar. Isso √© uma faca de dois gumes: ruim porque, mesmo que se mate muitas c√©lulas e o tumor reduza de tamanho, se alguma ou mesmo uma s√≥ dessas c√©lulas sobrarem elas podem formar o tumor novamente; mas tamb√©m √© bom porque reduz o nosso alvo, afinal s√≥ precisamos matar essas c√©lulas-tronco do c√Ęncer.

A pergunta ent√£o √© ‚Äúquantas e como s√£o estas c√©lulas?‚ÄĚ, e foi justamente um trabalho nessa √°rea que recebeu mais cita√ß√Ķes na pesquisa entre os especialistas. Antes se achava que as c√©lulas-tronco seriam apenas 0,1% das c√©lulas de um tumor, mas Elsa Quintana e colaboradores descobriram que em tumores s√≥lidos, no caso um melanoma, 25% das c√©lulas t√™m capacidade de formar um tumor. Assim parece que o n√ļmero √© bem maior do que se pensava e varia em tipos de tumor e mesmo de um indiv√≠duo para outro.

  • O genoma do c√Ęncer ‚Äď A ideia n√£o √© nova: ‚Äúj√° que o c√Ęncer acontece por causa do ac√ļmulo de defeitos no DNA das c√©lulas, vamos sequenciar e ver o que mudou‚ÄĚ. O que acontece √© que isso √© muito caro e os resultados demoram a aparecer. Hoje em dia as t√©cnicas de sequenciamento est√£o melhorando e v√°rios alvos terap√™uticos j√° foram encontrados, como genes e fatores de risco como o cigarro que aumentam as chances de gerar um tumor. Mesmo assim essa abordagem divide opini√Ķes de especialistas.
  • Corrigindo os erros ‚Äď Algumas tentativas de tratamento que chegaram a ser testadas em humanos mostraram resultados n√£o esperados (BRAF e PARP). At√© mesmo drogas que funcionaram em cultura de c√©lulas e em animais, quando passam para humanos acabam tendo o efeito contr√°rio do desejado. Estudar os porqu√™s disto tem trazido informa√ß√Ķes interessantes, e n√£o impedem que os testes em humanos continuem e se aperfei√ßoem. Por isso √© interessante at√© mesmo gerar resist√™ncia a c√©lulas tumorais in vitro para entender como super√°-la.
  • Imunologia e microambiente ‚Äď Usar anticorpos espec√≠ficos contra tumores √© uma terapia j√° muito usada, mas o que ainda n√£o se sabe muito √© como o ambiente do tumor  e o sistema imune do doente realmente interagem com o tumor e como suas c√©lulas, afetam essas c√©lulas tumorais. Trabalhos nesta √°rea tamb√©m foram muito citados na pesquisa, e esta √°rea parece estar adquirindo a visibilidde que merece.

Infelizmente a grande maioria das pesquisas apontadas pelos estudiosos est√£o em est√°gio muito experimental e longe de aplica√ß√£o. Imagino que isto acontece porque leva-se muito tempo para levar id√©ias novas para testes em humanos, fazendo com que quando algo chega ao humano j√° n√£o √© t√£o novidade e novas descobertas chamam mais a aten√ß√£o dos pesquisadores. Possivel tamb√©m que poucos pesquisadores clinicos (cl√≠nico = em humanos) tenham respondido a pesquisa e tenha prevalecido a opni√£o dos pesquisadores b√°sicos. De qualquer forma √© por a√≠ que caminhar√° a ci√™ncia e a medicina do c√Ęncer.

 

Vi na Nature Medicine – A close look at cancer

A “b√≠blia” da neuroci√™ncia – use com modera√ß√£o

kandel livro.JPGNa minha saga em come√ßar a estudar neuroci√™ncias (que ser√° documentada neste blog – este j√° √© o segundo post) eu optei por come√ßar lendo o “Princ√≠pios de Neuroci√™ncias” do Kandel, como j√° havia dito antes.

E este é o primeiro livro-texto que leio desde o começo. Sim, livros-texto são aqueles gigantes usados como as bíblias duma disciplina de faculdade. Geralmente o professor da tal matéria só indica os capitulos que lhe interessam e que o tempo do curso permite desenvolver.

Mas começar a ler desde o começo é muito interessante. Os 2 primeiros capítulos do Kandel são muito legais, além de informativos, contando a história da neurociência. Não como um livro de história, mas uma história escrita por um cientista. A diferença é que vai se construindo uma história baseada nos trabalhos e desenvolvimentos da pesquisa, assim eu fui me sentindo mais embasado e preparado para conversar com quem trabalha na área.

Ramon y Cajal, Golgi, Wernicke, Broca, Gazzaniga, s√£o nomes que eu sempre ouvia mas n√£o tinha entendido at√© ent√£o sua posi√ß√£o e import√Ęncia dentro dessa hist√≥ria toda da decifra√ß√£o do c√©rebro. Acompanhar seu erros e acertos faz com que v√°rias id√©ias surjam e muitas outras morram no leitor – morte esta que √© muito importante, j√° que algumas id√©ias que n√≥s temos e nos fazem achar muito inteligentes por isso, acabam nos deixando com cara de idiotas quando percebemos que a dois s√©culos atr√°s algu√©m j√° pensou, testou, e refutou ou confirmou tudo que voc√™ tinha cogitado. Assim n√≥s podemos nos localizar melhor na linha do tempo de desenvolvimento desta √°rea, sem ter que reinventar a roda.

No ombro de gigantes eu me apoiei… escorreguei e ca√≠.

O problema dos livros-texto é o mesmo de todo gigante: geralmente são lerdos.
Esta edi√ß√£o que eu estou lendo √© de 2000, quando o Projeto Genoma Humano estava para ser terminado, pelo menos o rascunho dele. No livro ele fala que “os mais de 80 mil genes da c√©lula humana…” e isto esta errado!

Pelo menos em parte. Antes do sequenciamento do genoma humano, achava-se que em média um gene corresponde a uma proteína. Como temos muitas proteínas devemos ter também muitos genes, mais ou menos uns 100mil. Qual não foi a surpresa quando descobriram que há menos de 30mil genes! Foi um tapa na cara da comunidade científica, e isso mostra que o genoma é mais complexo do que se esperava, porque poucos genes conseguem fazer muito mais proteínas.

E foi um tapa na minha cara também. Afinal, o livro de 2000 já está muito ultrapassado!
Mas afinal, que livro consegue acompanhar o desenvolvimento das coisas? Por defini√ß√£o um livro √© “obsoleto” assim que nasce. Por isso j√° percebi que nas quest√Ķes mais pol√™micas e de √°reas mais din√Ęmicas, como a biologia molecular, vou ter que dar umas olhadas nos trabalhos cient√≠ficos recentes, principalmente nas famosas revis√Ķes, que s√£o artigos que compilam o que h√° de mais novo em um determinado assunto.

E √© isso mesmo, porque no fim das contas n√£o podemos p√īr a culpa no livro ultrapassado, quando o respons√°vel pelo seu conhecimento √© exclusivamente VOC√ä mesmo!

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Olha aí o Kandel com aquela cara de quem tem um Prêmio Nobel no bolso.

E a neuro-saga continua, o próximo tema será: como entender seu cérebro pelos erros.

Parabéns para mim, para o rock e para o genoma brasileiro!

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Café afetado pela xylella. Adoro estes cortes de plantas!


13 de julho, que data mais importante para o Brasil e para o mundo. Neste dia, h√° alguns anos atr√°s (n√£o muitos), nascia este que vos escreve. N√£o bastando isto, tamb√©m √© o dia em que se homenageia mundialmente o Rock¬īn Roll. Agora descobri mais um nascimento importante neste dia: Xylella fastidiosa.
Não é uma banda de rock, é uma bactéria que causa uma doença nos laranjais, e não é que ela tenha propriamente nascido em 13/7, mas nesta data ocorreu algo que mudou os rumos da ciência no Brasil.
xylella.jpg[adendo – claro que, sabendo que as bact√©rias se reproduzem aos milh√Ķes em poucos minutos, bilh√Ķes e bilh√Ķes de Xylellas devem nascer todos os dias e no dia 13 n√£o foi diferente, portanto v√°rias bact√©rias fariam anivers√°rio comigo caso elas chegassem a durar um ano.]
Xyllela-Nature.jpgNeste dia, no ano 2000, foi publicado o genoma da Xylella na revista Nature. Este projeto, bancado pela Funda√ß√£o de Amparo √† Pesquisa do Estado de S√£o Paulo (FAPESP), foi uma aposta bem alta: gastar 12 milh√Ķes para colocar o Brasil na ponta de alguma pesquisa e chamar a aten√ß√£o do mundo – no caso a gen√īmica foi a escolhida.
Funcionou. Muitos mestres e doutores puderam aprender técnicas de ponta, equipamentos foram importados, e toda uma geração de cientistas foi gerada, sendo que muitos são hoje em dia pesquisadores no Brasil e fora dele.
Eu mesmo me beneficiei deste salto, pois desde o laboratório de iniciação científica até meu atual no doutorado participaram do sequenciamento, e só com esta conquista puderam se estabelecer, afinal a biologia molecular era muito fraca por aqui.
Mas a mágica funcionou até certo ponto. Na área acadêmica a luta agora é por qualidade. Já conseguimos colocar o Brasil no mapa científico mundial, mas precisamos de trabalhos melhores em revistas científicas de maior impacto. Os projetos genoma são muito criticados por não terem entregado para a agricultura e para a medicina as melhorias e descobertas prometidas no passado. Buscar estes resultados é o que deve aumentar a qualidade.
Mas talvez o mais importante hoje em dia seja ter o arrojo de dez anos atr√°s para estimular de alguma maneira o setor privado a interagir com a √°rea de pesquisa. Um modelo de transfer√™ncia de conhecimento da academia para a ind√ļstria seria o pr√≥ximo passo para firmar definitivamente a produ√ß√£o de ci√™ncia no Brasil.

Essa nossa vidinha sintética

Thumbnail image for LIFE_by_OrangeUtan.jpgCom certeza a not√≠cia cient√≠fica mais importante desta semana foi o an√ļncio de que, 10 anos e 40 milh√Ķes de d√≥lares depois, a equipe liderada por Craig Venter conseguiu “criar vida artificial”. Ser√°?

Como sintetizar uma vida passo-a-passo:

1- tenha muito dinheiro, tempo, fama e nenhum medo de polêmica. [seja Craig Venter]

2- descubra qual o mínimo de informação que uma célula precisa para viver. [em 1995 o pessoal do Craig sequenciou o menor genoma conhecido, do Mycoplasma genitalium com 500 genes, e ainda conseguiram tirar uns 100 deles]

3- transplante pelo menos um cromossomo natural para outra célula antes de inventar moda! [fizeram isto em 2007]

4- sintetize o cromossomo, ou seja, coloque as letras ATCG na ordem certa. [feito em 2008, com algumas “marcas d¬īagua” para sabermos que √© realmente o constru√≠do e n√£o o natural. Essa assinatura √© um c√≥digo que transforma em ATCG alguns nomes de pesquisadores e at√© uma frase do James Joyce “To live, to err, to fall, to triumph, to recreate life out of life.” (Viver, errar, cair, triunfar, recriar vida apartir de vida) ]

5- coloque o tal cromossomo sintético na outra célula sem DNA e cruze os dedinhos para ela não morrer e se reproduzir. [isso que aconteceu agora]

Como voc√™ p√īde ver, a tal vida n√£o √© totalmente sint√©tica, afinal usaram uma c√©lula j√° existente para ler o programa sint√©tico que √© uma c√≥pia de outro genoma j√° existente.
Eu não estou desmerecendo a pesquisa. Ela é muito legal e abre várias portas mesmo mas, como sempre acontece, o hype é exagerado. Tá longe de construirmos um organismo para os fins alardeados Рcomo bactérias que comem capim e o transformam em petróleo. E outra, bactéria é fácil, quero ver com eucariontes como plantas, vermes, eu e você. Aí literalmente o bicho pega.

O Sérgio Abranches falou (dia 21/5) que este trabalho foi uma quebra de paradigma, mas ele caiu na velha armadilha desta palavra que é a mais prostituída de toda a filosofia da ciência. Na verdade é bem o oposto: este experimento é o ápice do paradigma atual da engenharia genética! Isso vem sendo feito há muito tempo. Há muito que construímos organismos genéticamente modificados: picotando DNA, colando genes, inserindo proteínas e criando animais inteiros transgênicos. Criamos, crescemos, comemos, cheiramos e injetamos seus produtos.

Novos problemas √©ticos? Acho que n√£o. S√≥ um s√īpro a mais nas j√° turbulentas quest√Ķes levantadas pela engenharia gen√©tica h√° pelo menos 30 anos. Nada novo aqui.

Agora o que este avan√ßo tem a ver com Blade Runner √© que eu n√£o sei!!! UPDATE 23/05: me explicaram esta rela√ß√£o nos comments. D√™ uma olhada (mas ainda acho q n√£o tem nada a ver considerando a dist√Ęncia tecnol√≥gica).

Veja o tema do fórum do programa Rádio Blog da rádio Eldorado de São Paulo do dia 21 de maio:

Cientistas conseguiram pela primeira vez produzir uma forma de vida sintética em laboratório. Eles conseguiram reavivar uma célula morta, transplantando uma cópia do genoma de uma bactéria.
O objetivo do experimento √© produzir micro-organismos para fun√ß√Ķes espec√≠ficas, como limpar manchas de petr√≥leo.
Na sua opinião, essa descoberta pode ajudar o ser humano? Pode ser perigosa? Você acredita que no futuro teremos andróides criados por empresas, como os do filme Blade Runner?

BIOLOGIA SINT√ČTICA N√ÉO TEM NADA A VER COM ROB√ĒS!!! ai ai…

Genoma do c√Ęncer √© a melhor abordagem?

mapa cancer.jpg

Mapa da Nature com os programas integrados de genoma do c√Ęncer

O c√Ęncer √© uma doen√ßa causada por muta√ß√Ķes no DNA, certo? S√≥ que as muta√ß√Ķes podem ser v√°rias e em diversos genes diferentes em cada caso. Como saber quais genes que geraram um tipo de c√Ęncer?
Simples, √© s√≥ pegar uma amostra do tumor e outra de tecido normal do mesmo paciente, e seq√ľenciar os dois. Comparando tumor e tecido normal voc√™ vai saber quais genes sofreram muta√ß√£o nesta pessoa. Ter√≠amos assim o genoma de um tumor.
E se junt√°ssemos v√°rios casos do mesmo tipo de tumor e seq√ľenci√°ssemos, poder√≠amos achar as muta√ß√Ķes mais comuns para aquele tipo de tumor e descobrir novos tratamentos espec√≠ficos pra cada.
Simples mas n√£o f√°cil. E nada barato. Seq√ľenciamento √© uma coisa bem cara, e leva certo tempo.
Por isso at√© hoje temos apenas 75 genomas de c√Ęncer publicados, e nem todos completos.
Outro problema √© que esses genomas todos q v√™m sendo feitos, desde o humano at√© as bact√©rias, passando at√© pelo ornitorrinco, n√£o t√™m gerado impactos diretos na qualidade de vida humana. Quem trabalha com evolu√ß√£o molecular adora genomas, mas em medicina, para encontrar um tratamento diretamente e totalmente derivado desses seq√ľenciamentos est√° meio dif√≠cil.
E com tumores vai ser mais dif√≠cil, pois alguns genes mutados iniciam o processo, deixando a c√©lula mais vulner√°vel a erros e novas muta√ß√Ķes. Como saber se essas √ļltimas muta√ß√Ķes s√£o t√£o importantes quanto as primeiras? E existe mesmo um padr√£o nelas se comparadas com outros tumores?
Resumindo, ter o genoma √© simples, mas analis√°-lo e tirar um tratamento disso √© que complica. Afinal, a quantidade de genomas seq√ľenciados para dar mais confian√ßa, em alguns casos, deve ser de mil ou mais! Isso √© muito esfor√ßo e muito dinheiro. Al√©m disso, estes resultados s√£o apenas n√ļmeros num computador. Testes funcionais, em c√©lulas e animais, devem ser conduzidos para confirmar o papel das dicas dadas pelos seq√ľenciamentos.
Pior é que agora muita pesquisa boa está se voltando ao metabolismo do tumor, não só ao seu DNA. Se esta proposta começar a gerar mais resultados aí que eu quero ver.
Fato √© que esta abordagem de seq√ľenciamento em larga escala n√£o √© um consenso. Sim, por mais incr√≠vel que pare√ßa existem cientistas bons que n√£o gostam de sequenciamento de genoma. Eles acham que outras abordagens t√™m melhor custo-benef√≠cio.
Enquanto isto eu s√≥ espero que o Brasil tenha dinheiro suficiente para pelo menos usar a tecnologia e os tratamentos que J√Ā existem e n√£o chegam a todos.

Estat√≠sticas in√ļteis do futebol. E na ci√™ncia?

galv√£o.jpg

Imagem: retidara da gafe do Galv√£o aqui e editada por Rafael_RNAm. O “p<0,05” √© um limite em estat√≠stica e significa 0,05% de chance do seu resultado ser fruto do acaso.

Bem amigos do RNAm!!! Estamos aqui para mais um show de transmiss√£o cient√≠fica. Um show de imagens, de coment√°rios abalizados, e de dados completamente in√ļteis!

Sim, eu n√£o me conformo com a quantidade de dados in√ļteis em uma transmiss√£o de jogo de futebol. E isso n√£o √© novidade pra ningu√©m, afinal h√° muito tempo j√° se tira sarro de estat√≠sticas do tipo “s√≥ em 1843 o Piraporense do Bom Jesus ganhou de 3 a 0 do Itaquaquecetubense em um ano bissexto”. Mas assistindo a Brasil e Chile vi um n√≠vel de sofistica√ß√£o fant√°stico na coleta de dados.

A todo momento aparecia o quanto cada jogador havia percorrido na partida, ali, em tempo real. Também o quanto desse tempo ele havia andado, trotado e corrido. No fim do jogo um gráfico mostrou a média percorrida pelos times, posse de bola, arrancadas e até um gráfico mostrando a região mais percorrida do campo por cada equipe.

Coleta de dados perfeita. Provavelmente uma c√Ęmera fixa ligada a um computador com um programa de analise de imagem fez esse servi√ßo.

Adendo – E n√£o √© nada muito novo. Essa mesma t√©cnica √© usada para analise de comportamento de camundongos. Deixa-se uma c√Ęmera filmando a movimenta√ß√£o do bicho, analisando assim o comportamento depois de tratado com determinada droga, por exemplo. O software faz tudo sozinho.


Mas a pergunta é PARA QUE?!
Afinal as estat√≠sticas no fim do jogo eram praticamente as mesmas entre os dois times (posse, dist√Ęncia percorrida, etc). Mas o Brasil ganhou de 4 a 2, que √© uma bruta diferen√ßa. Diferen√ßa esta que existe, mas que a coleta de dados n√£o pegou.

Ou seja, se tivéssemos só os dados estatísticos da partida, a técnica de coleta de dados durante os jogos ainda não é sensível o suficiente para prever quem ganhou de goleada.

Esse √© um paralelo interessante para muitas pesquisas cient√≠ficas. Muitas √°reas est√£o ainda ajustando sua coleta de dados. E muitas j√° t√™m uma quantidade imensa de dados, mas ainda falta aprender a interpretar essa quantidade de informa√ß√£o. Falta fazer isso tudo fazer sentido e ajudar a prever um resultado. √Č o caso de √°reas como a gen√īmica, prote√īmica e outras √īmicas: muita informa√ß√£o gerada e pouco tempo para an√°lise e integra√ß√£o com outros dados.

Uma das críticas ao Projeto Genoma Humano era essa: muito dinheiro pra coleta de dados e pouco para análise. Bom, agora que o esforço foi concluído, realmente os resultados prometidos não vieram tão rápido, mas lentamente virão.

Na Globo, o Galvão ainda está assim: dirigindo uma Ferrari de dados mas sem saber pra onde ir. Mas sigamos coletando (principalmente quando há dinheiro sobrando)! Quem sabe um dia alguém aprende a usar isso tudo.

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