Arquivos biologia molecular

Nobel de química 2015 em infográficos

Muita coisa depende do DNA. Ele guarda informação para fazer proteínas, e isso ele faz nossa vida inteira. E além de ter que durar muito ele ainda se estressa demais, porque cada vez que a célula vai se duplicar, o DNA tem que separar as suas fitas e fazer uma cópia de cada. Quando vai mandar a mensagem pra fazer proteínas, ela se abre para copiar o pedaço que interessa. Esse abre e fecha vai danificando o pobre do DNA. Além disso ainda tem radicais livres e radiações como a UV que detonam ainda mais a pobre da molécula.

Se não tivesse como arrumar, o DNA se desfaria rapidinho. E quando isso acontece os resultados podem ser dois: câncer ou envelhecimento precoce.

Mas calma, temos os ganhadores do Nobel de química de 2015 para nos ajudar! Eles descobriram mecanismos de reparo que as células têm para corrigir os erros.

E cada um descobriu um tipo de reparo, já que pra cada tipo de dano tem um tipo de reparo. É como um carro que se levou uma batida você leva no funileiro, se for motor, no mecânico, e se for elétrico, só resolve uma autoelétrica. No caso do DNA os danos são reparo por excisão de bases (base excision repair), reparo por mau pareamento (mismatch repair), e reparo por excisão de nucleotídeos (nucleotide excision repair).

O infográfico que eu fiz alí acima mostra quem descobriu qual tipo de reparo. Claro que tem muito mais gente pesquisando sobre isso. Aliás, qualquer coisa sobre câncer pode apostar que tem muita gente pesquisando, porque é um assunto importante, complexo e muito interessante.

A própria organização do prêmio Nobel fez esquemas para mostrar como funciona cada tipo de reparo, o que eu achei bem legal da parte deles.

E aqui um infográfico de um site muito bacana, o Compound Interest, que só faz infográficos de química. Muito bons e nada chatos, mas em inglês.

Publicado originalmente em inglês no blog do Mind the Graph

Saiba mais:

Reportagem da Revista FAPESP

http://www.compoundchem.com/nobel2015/

Nobelprize.org

Ferramente de infografia que usei: Mind the Graph

Faça infográficos perfeitos para área de biomed

Aqui vai uma dica preciosa para quem quer fazer uma ciência mais bonita, mais descolada e mais design. E mais fácil e rápida de ser entendida também:

USE INFOGRÁFICOS!!!

Use nas apresentações, nos posteres em congressos, nas aulas, na tese e nos seus artigos científicos também. Economize o tempo das pessoas em entender e deixe o mundo mais bonito.

Se você é da área de biomédicas tenho uma dica melhor ainda: uma ferramenta online que tem todas as ilustrações e templates que você precisa. É a Mind the Graph. Uma startup 100% nacional com uma qualidade excelente, vários templates e milhares de ilustrações altamente personalizáveis. Troque cores, estilos e formatos das células, por exemplo.

O banco de imagens não pára de crescer, e aqui eu selecionei as que eu achei mais interessantes.

Cientista em pose like a boss

Giardia, um clássico das aulas de biologia

CUIDADO! Isso é uma prensa!

Ei! Isso tá gelado!

Olha o passarinho… er… quer dizer…

Faça uma história em quadrinho

Usar cocaína causa euforia e poderes mediúnicos

[youtube_sc url=”https://www.youtube.com/watch?v=ukJyP5np9fg” title=”Tutorial%20on%20how%20to%20create%20infographics%20for%20Life%20Science%20and%20Health.”]

Disclaimer: Eu já comi churrasco na casa do sócio do Mind the Graph, ou seja, sou seu amigo. E também escrevo para o blog da empresa. Se agora você desconfiou de mim, entre lá e dê uma olhada para tirar a prova.

Antioxidante em pílula NÃO funciona!

Se dizem que antioxidante é bom pra saúde, e se ele é ANTI (contra) oxidante, deve ser porque o tal OXIDANTE deve fazer mal. Hoje em dia a gente sabe que os oxidantes, que são os famosos os peróxidos e os radicais livres, acabam causando envelhecimento e câncer. Lembre-se que essas duas coisas são os dois lados da mesma moeda.

O lance é o seguinte: se você respira, você produz oxidantes. E não é que você inala os radicais livres voando pelo ar. É o seu corpo mesmo que está fazendo isso. De todo oxigênio que você respira, 5% vira um oxidante.

Mas não dá pra parar de respirar, né? Por isso muita gente toma antioxidantes em pílulas para evitar as rugas e os tumores, e já existe um mercado de 23 milhões e dólares nos EUA só pra isso. O problema é que essas pílulas NÃO FUNCIONAM!

Um grupo fez um estudo juntando 10 anos de pesquisa sobre esses suplementos antioxidantes e viram que eles não tiveram efeito nenhum, e um outro estudo encontrou que eles ainda podem é acelerar o aparecimento de câncer! Tem mais um estudo que mostrou que tomar antioxidantes antes de malhar ANULA o efeito do exercício. Ou seja, se tomar isso antes de correr você vai sofrer e suar feito um porco e não vai ter uma saúde melhor.

Sabe o que pode estar acontecendo nesse exemplo do exercício? Pensa comigo: a malhação é um estresse necessário, e quando alguém puxa ferro, ele está judiando do músculo, arrebentando as fibras, para depois o corpo se recuperar corrigindo o músculo e fazendo ele um pouquinho maior pra aguentar o próximo tranco no futuro. Qualquer exercício produz também oxidantes, e o corpo também produz antioxidantes naturais depois do exercício pra anular esses da malhação. E talvez sobre um pouco a mais desses antioxidantes naturais para fazer outros serviços, como combater outros radicais livres que não são do exercício, como os da poluição e do cigarro.

O que algumas pessoas têm pensado é que se você tomar antioxidante antes de malhar, o seu corpo vai perceber e não vai produzir os seus próprios. Só que o que vem na pílula não sobra pra ajudar em mais nada, e os radicais do cigarro vão continuar pelo seu corpo.

A salada é o tapa na cara das suas células

Além de exercícios físicos, tem um outro jeito de estimular os seus antioxidantes naturais: COMENDO SALADA!

Assim como o exercício, a salada é um mal necessário. E pelo mesmo motivo: gerar estresse no seu corpo pra ele poder responder naturalmente e melhorar. Várias substâncias nas verduras e legumes dão uma cutucada bioquímica no nosso organismo. É o caso do ardor da pimenta, do tanino do vinho e do fedor do brócolis. O corpo entende essas substâncias como levemente tóxicas, e por isso eles disparam uns alarmes e fazem as células acordarem e produzirem coisas boas como os antioxidantes.

Por isso, depois de comer a salada você ficaria com antioxidantes e outras substâncias sobrando para combater outras ameaças.

E eu disse “ficaria” porque essa ainda é uma ideia nova e precisa de mais estudos. Ninguém tem certeza se é isso que acontece mas parece um caminho interessante.

O outro lado dela é que se você fica o dia inteiro no computador comendo rufles, que é só gordura e carboidrato, você não estimula a produção de antioxidantes.

Por isso, é bom você mandar um capitão Brócoli pra dentro, pra ele chegar dando pé na porta e tapa na cara desse bando de células molengas. Assim quem sabe você deixa de ser moleque. MO-LE-QUE

[youtube_sc url=”https://www.youtube.com/watch?v=m_geHHS9Jdo”]

Fontes:
That Antioxidant You’re Taking Is Snake Oil

Fruits and Vegetables Are Trying to Kill You

Ajuda ao clube de Biologia Sintética da USP!

Uma área de pesquisa que tem ganhado bastante atenção é a Biologia Sintética, que combina diferentes disciplinas (Biologia Molecular, Física, Engenharia etc.) com o objetivo de “construir” organismos que possam servir como ferramentas tecnológicas.

Dentro da área de Biologia Sintética existe um evento anual que tem grande importância e repercussão: o iGEM (International Genetically Engineered Machine), uma competição em que estudantes da área apresentam seus projetos numa disputa que concentra algumas das maiores novidades da ciência atual.

Escrevo sobre esse assunto após receber um pedido de ajuda de alunos de graduação e pós-graduação do Clube de Biologia Sintética da USP que estão prontinhos para participar da iGEM, mas não conseguiram fundos para a viagem. Aproveitando a crescente interatividade das redes sociais, o grupo está tentando viabilizar sua participação na competição por uma ação bem comentada atualmente: o crowdfunding.

A ideia é resolver o problema de financiamento para a viagem por meio de doações. Para isso eles criaram uma página no site RocketHub, onde você pode fazer a sua doação e contribuir com eles!

Infelizmente eu só recebi a mensagem hoje, faltando 3 (três) dias para o encerramento da campanha. A arrecadação até o momento atingiu 65% da meta de USD$2750,00 e toda ajuda é bem vinda.

Acessem a página, conheçam o projeto e vejam como contribuir em http://www.rockethub.com/projects/6131-brazil-s-igem-team-registration.

O Prof. Carlos Hotta, do blog Brontossauros em Meu Jardim, foi o responsável por encaminhar o pedido e também escreveu a respeito, confiram no link “Ajudem estudantes a ir a uma competição de Biologia Sintética“!

O DNA mais bonito do mundo

Apesar deste título, não vou falar de alguma reportagem no estilo “Encontrado o gene da beleza”, Mas sim de uma joia em formato de DNA que estampa a capa da revista científica Nature Genetics. Esta aí em cima. Coisa fina.

E o joalheiro tem outras joias nesse estilo molecular como esta ao lado que parece uma cadeia de carbonos ou um tipo de rede.

Ela faz parte de uma coleção chamada “Coleção Dendrítica” do designer de joias Alexander Davis. Dendritos são prolongamentos dos neurônios que interagem com outros dendritos de outros neurônios formando uma rede.

Legal ver um designer de joias encantado com a biologia. Nada mais elegante que isto.

Filosofia de laboratório.

Modelo tridimensional da estrutura do DNA.

Dia normal no laboratório. Vi que alguns alunos estavam preparando um gel para SDS-PAGE e perguntei se estava tudo OK. Responderam que “sim”, só estavam esperando o gel polimerizar por causa de uma receita que levava bem menos TEMED do que estamos habituados a fazer. Dito isso, comentei:

“Se vocês estiverem com pressa podem por um pouco mais. Só tomem cuidado para o gel não polimerizar antes de vocês o colocarem na forma. Outro dia mesmo fiquei pensando no sentido da vida ou sei lá o que e quando percebi, o gel tinha polimerizado e precisei refazer tudo…”

Eu mal terminei de falar isso e a resposta veio na lata:

“Ah, na dúvida é sempre 5´ -> 3´ !”

Isso que dá ficar muito tempo num laboratório de biologia molecular…

PS: não entendeu? Que tal lembrar da estrutura do DNA e de sua replicação na figura abaixo?

Sentido das fitas de DNA (esquerda) e um modelo de sua forquilha de replicação (direita).

PPS: “o sentido da vida” já foi descoberto faz muito tempo!

Imagens:

Getty Images (royalty-free) / WikiCiências / Wikipedia

Controle mentes usando algas, vírus e laser

Essa é uma daquelas técnicas que pode gerar polêmicas, e só não gerou ainda porque não caiu nas graças dos jornalistas mais sensacionalistas. A optogenética é um jeito de ligar e desligar neurônios apontando para eles um laser. Não tão simples assim, porque você tem que injetar no cérebro a ser testado um vírus que leva para dentro dos neurônios desejados o gene que vai virar a proteína sensível a luz.

Veja o video:

Essa proteína vem de algas e responde a laser, e dependendo de quais neurônios a produzirem ela pode ativá-los fazendo por exemplo o camundongo do vídeo sair correndo, a mosca tentar voar, o verme parar de se mover, sempre que o laser os atingír.

Isto pode ser usado para controlar o ritmo de células cardíacas e os movimentos de células da pele, como mostrado mais ao final do vídeo.

Mas além de permitir controle, a optogenética é uma ferramenta para estudar as ligações entre os neurônios e revelar os circuitos que formam o cérebro, esses sim o Santo Graal da neurociência.

Não precisamos nos preocupar com controle mental por enquanto, estão longe disso, mas isso me faz perguntar se aquele cabo do filme Matrix era um cabo de fibra óptica.

Dica do Felipe do Psicológico

Por dentro da SBBq 2011!

Semana passada avisei que estava prestes a viajar para a 40ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq), e que ao voltar compartilharia pontos interessantes do evento.

Antes, no entanto, acho válido situar os leitores que não sabem exatamente o que são esses congressos, o que acontece nos mesmos e porque eles são importantes.

O que são?

Os congressos são reuniões/encontros de entidades de classe ou associações para a apresentação de conferências, e podem ser científicos ou técnicos. Geralmente essas reuniões recebem os membros de uma Sociedade (que pode ser de Bioquímica, Genética, Microscopia etc.), os alunos (orientados) destes membros, pesquisadores convidados e expositores de produtos/serviços relacionados ao tema central.

O que acontece nessas reuniões e qual a sua importância?

De modo geral a programação do evento envolve palestras, simpósios, cursos e apresentações de trabalhos. Essas apresentações podem ser na forma impressa (com poster) ou oral, dependendo da ocasião. No caso da SBBq, a programação científica foi dividida da seguinte forma:

Conferências: um único convidado discorre sobre sua especialidade (ou linha de pesquisa, ou achados recentes etc.), geralmente com maior duração do que as palestras combinadas nos simpósios (ver próximo item). Esses espaços costumam ser destinados aos pesquisadores/convidados de “maior destaque”.
Simpósios: reunião com um tema geral em que três ou quatro convidados especialistas na área ministram palestras curtas (em torno de meia hora). São interessantes pois a diversidade de palestrantes sempre gera discussões boas, além do acesso a especialistas que muitas vezes seriam de difícil contato (por questões geográficas, por exemplo; pode-se conversar de uma vez com especialistas da sua área que sejam do seu estado, de estados longes do seu ou de fora do país).
Apresentações de trabalhos: nesse momento ocorrem as exposições dos trabalhos enviados pelos congressistas. Salões de exposição são montados e normalmente as apresentações acontecem em mais de um dia, organizados de acordo com as áreas abordadas (por exemplo: um dia para bioquímica celular, educação em bioquímica e glicobiologia, e outro dia para biologia molecular de procariotos, de eucariotos e assim por diante.). No momento de exposição os autores devem ficar junto a seus trabalhos para serem avaliados pela comissão e/ou responderem e explicarem seus resultados a outros congressistas interessados.

No final das contas, sou da opinião que a participação em congressos é importante para termos contato mais próximo a pesquisadores que normalmente seriam menos acessíveis e para conversarmos em geral com outros participantes sobre trabalhos relacionados (ou concorrentes), futuras colaborações ou mesmo assuntos que não estejam relacionados ao nosso dia a dia, mas despertem nosso interesse.

Salão de exposição lotado durante a apresentação de trabalhos.

E as minhas impressões?

Foi consenso que a reunião estava mais “vazia” em relação a edições anteriores. Talvez isso seja reflexo de o evento ser realizado em uma cidade turística (no caso, Foz do Iguaçu e suas cataratas de cair o queixo) e de a grande maioria dos participantes serem estudantes bem novinhos mais preocupados com a viagem do que com o a programação científica do evento.

Conversei com muita gente que reparou que existia muito movimento para conhecer Foz, o Paraguai e tudo o mais, enquanto algumas palestras ficaram bom pouco público e poucas perguntas e discussão. Justamente o que julgo mais importante nessa situação. Lembro que em 2007, quando a SBBq foi em Salvador e contava com aproximadamente três mil inscritos isso também aconteceu em alguns momentos.

OK, OK, esse cenário não ajuda a acompanhar as palestras… mas dá prá conciliar melhor, né pessoal?!

De qualquer modo, gostaria de parabenizar a cúpula da SBBq por organizar o Simpósio em Educação. Para mim foi o ponto alto do evento, os palestrantes foram ótimos, os tópicos relevantes, a discussão excelente e as conversas que tive com os palestrantes e alguns congressistas, igualmente produtivas. Não vou me alongar nesse ponto agora pois esse material está sendo elaborado em separado e será publicado em breve.

Também tive a oportunidade de encontrar com os “marinheiros de primeira viagem” em congressos científicos e no geral tive conversas muito boas, vocês verão mais sobre esses personagens nos próximos posts.

Noves fora, o congresso, apesar de um pouco diluído devido a sua abrangência foi muito produtivo tanto para o meu Doutorado quanto para os blogs. Aliando esse fato à beleza das Cataratas e da Argentina (que visitei em minha última noite para um excelente jantar com a minha mulher), a viagem teve saldo muito positivo.

Que venham outras!

O primeiro congresso a gente nunca esquece…

Para começar gostaria de pedir desculpas pela falta de atualizações no blog. Ando com um bloqueio pesado, escrever está bem difícil mas vou fazer o possível para recuperar o ritmo nas atualizações do RNAm e do Ciensinando.

O motivo desse post é o seguinte: um dos passos obrigatórios para quem começa a trabalhar com ciência ainda na Graduação é a participação em congressos científicos. Essas reuniões reúnem especialistas, estudantes e professores da área representada no congresso, que assistem a palestras, participam de cursos, conversam muito entre si e apresentam parte de seus trabalhos de modo geralmente bastante descontraído.

Pensando nisso, resolvi aproveitar a minha participação no congresso da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (a SBBq) para mostrar como é um congresso de grande porte. Vocês verão o que acontece, conversarei com alguns palestrantes, professores e, se tudo der certo, com alguns participantes de primeira viagem.

Aliás, uma prévia do meu trabalho pode ser vista na imagem ao lado, clique para ampliar.

Quero encontrar gente que esteja participando pela primeira vez de uma reunião assim. A ideia é conversar sobre a experiência: expectativas, animação com as atividades e com a programação e, claro, os receios sobre apresentar pela primeira vez parte de seu trabalho de pesquisa.

Para ficar mais fácil, quem tiver interesse em conversar comigo pode me encontrar durante o período em que estarei apresentando meu trabalho.

Minha “poster session” está marcada para a segunda-feira, dia 02 de Maio, entre as 16h30 e as 18h30 no Expocenter III do Centro de Convenções do Hotel Rafain Palace, em Foz do Iguaçu – PR.

Espero vocês lá!

Super-Sequenciamentos de DNA e a lei de Moore

Dia 19 de abril é o aniversário da Lei de Moore que diz, segundo a Wikipedia “…[em 1965] o então presidente da Intel, Gordon E. Moore fez sua profecia, na qual o número de transistores dos chips teria um aumento de 100%, pelo mesmo custo, a cada período de 18 meses. Essa profecia tornou-se realidade e acabou ganhando o nome de Lei de Moore.”

fig: A evolução dos precessadores e a lei de Moore

Uma profecia e tanto, porque é um ritmo frenético, concorda? Eu ainda lembro quando jogava Space Invaders no meu XT sei-lá-o-que na tela fósforo verde.

O engraçado é que, sem saber do aniversário, eu ouvi sobre a lei de Moore essa semana. Mais do que isso, ouvi sobre algo que anda mais rápido que a lei de Moore: a potência do sequenciamento de DNA.

O RNAm foi convidado para o lançamento da nova tecnologia de sequenciamento da Life Technologies, o Ion Torrent. Muito legal a tecnologia e parece que vai revolucionar a área de sequenciamento mesmo. Se você é da área entre no link caso se interesse, vale a pena (como não sou da área, não vou entrar em detalhes). Só vou dizer uma coisa: essa coisa consegue detectar a mudança de pH gerada pela liberação de hidrogênio quando uma base, A,T, C ou G se liga à fita a ser sequenciada!

Bom, neste evento foi citada a lei de Moore para compará-la com a evolução da tecnologia de sequenciamento. Veja aqui a comparação do custo de um genoma e o custo dos processadores:

Isso muda muita coisa. Com sequenciamentos baratos e rápidos, áreas como a epidemiologia vão mudar, e já estão mudando muito. Técnicas como arrays irão aos poucos sumir, dando lugar ao todo-poderoso, direto e inequívoco sequenciamento.

E já tem muita gente no Brasil fazendo muita coisa com sequenciamento. Duas palestras muito interessantes: uma com o pessoal da bioinformática da FioCruz, o Cebio, que oferecem uma estrutura de análise e planejamento de sequenciamento e tem parcerias com vários pesquisadores e empresas; outra coisa interessante é a Rede Paraense de Genômica e Proteômica, da UFPA, um centro com muita estrutura e colaborações, isso tudo fora do sudeste.

Esses dois centros são muito importantes, sabe porque? Porque máquinas como o Ion Torrent estão deixando o sequenciamento cada vez mais fácil, mas o que fazer com aquele monte de letras ACTG? O funil do conhecimento nessa área é a análise, e por isso esse knowhow destes centros vale ouro. Bioinformática vale ouro. É emprego certo porque pouquíssima gente tem o conhecimento necessário (essa é a frase que eu mais ouço ultimamente em todas as áreas no Brasil). Também, precisa entender de biologia, matemática e programação, mas biólogos não suportam exatas, e exatos, bem, até gostam de bio, mas ganham muito mais em inicio de carreira em outras áreas do mercado de trabalho.

Então veremos o que fazer com as toneladas de dados gerados pelos simples, rápidos e baratos sequenciamentos.