#Divã da pós – Ritmos de trabalho.

Passadinha rápida para compartilhar mais uma verdade transformada em quadrinho por Jorge Cham!

phd_rnam.jpg

Eu alterno entre “Robô” e “OK, talvez você defenda sua tese”, e vocês?


Adaptação do sempre ótimo PhD Comics.

ps: favor desconsiderar minha inaptidão para com editores de imagem.

Mais Lady Gaga: Bad Project.

Como era de se esperar, apareceu mais uma paródia da argh Lady Gaga!

Eu sei como quem fez o vídeo se sente, não tem nada como ganhar um projeto-mico de presente e ficar batendo cabeça por meses a fio… Prá não falar de quando trabalhei num laboratório em que o pós-doc que coordenava o projeto identificava suas amostras principais em árabe!

Ê vidinha mais ou menos…

Rafael_RNAm diz:

Esse é o maior viral científico desde a bactéria de arsênio!!!Eu recebi isso de DEZENAS de pessoas, via twitter, orkut, Facebook, email, fax, pager e sinais de fumaça. 

Parabéns por pessoal do lab da Hui Zheng que produziu o vídeo. Esse tipo de material é muito bom para mostrar para nós, cientistas brasileiros, que lá no EUA e aqui os problemas são os mesmos (maldito Western!!!). 

É bom também para fazer a sua mãe entender que fazer ciência não é sempre a coisa mais honrada e divertida do mundo. E no final o que todos os pós-graduandos gritam é isso mesmo: “EU NÃO QUERO SER POBRE!!!!”

Se você não viu o outro vídeo que postamos aqui, acesse Lady Gaga no laboratório: Lab Romance!

Será que ele é?

Tirinha.jpg

Hunf, tolerância tem limite…

Essa tirinha foi traduzida do ótimo Saturday Morning Breakfast Cereal e inaugura os posts relacionados ao Desafio 10:23, um protesto em que ativistas em mais de 10 países se reunirão no fim de semana de 5-6 de fevereiro de 2011 para
esclarecer que:

1023-Brazil-300x205.png

Querem saber mais? Acessem http://1023.haaan.com/ e saibam tudo sobre a ação!

ps 1: Culpem o GIMP e suas fontes gringas pela falta de acentuação, eu juro que tentei encontrar uma fonte boa que as aceitasse.

ps 2: Por favor, não me façam explicar a piada da tirinha. Sério.

O caso dos aminoácidos perdidos…

A motivação desse texto vem de uma reportagem sobre a possibilidade de alguns aminoácidos serem provenientes do espaço, na qual senti necessidade de corrigir alguns escorregões:

  1. “Os aminoácidos são importantíssimos porque ajudam a compor as proteínas, indispensáveis para a existência de todas as formas de vida no nosso
    planeta.”
  2. “Ao estudar os fragmentos de um meteorito… descobriram… aminoácidos do tipo canhoto.” (nunca ouvi aminoácidos D e L serem chamados “destros” e “canhotos”, alguém pode confirmar?)
  3. “Na Terra, todos os seres vivos têm aminoácidos canhotos… Mas isso não quer dizer que a versão destra seja impossível
    por aqui. Cientistas já conseguiram sintetizá-la em laboratório.”

Sabemos que os aminoácidos são moléculas que, interligadas,
formam a cadeia principal de todas as proteínas. Ao contrário do comentado na reportagem, não é uma questão de
“ajudar a compor” e sim de definir. Desse modo, sem os os aminoácidos simplesmente não há proteína.

Aproveitando o tema, existem dois “causos” relacionados aos aminoácidos que me incomodam demais há algum tempo:

  1. Por que quase ninguém fora da área de proteínas reconhece a existência de 2 aminoácidos “extras” além dos 20 clássicos?
  2. O que diabos há com um mundo em que ainda é comum encontrar a frase “os L-aminoácidos são os únicos presentes nas proteínas” e suas variáveis?

O mistério dos aminoácidos proscritos
Os dois aminoácidos nunca citados são a selenocisteína e a pirrolisina. Pode-se imaginar que os dois sejam resultado de alguma modificação pós-traducional, ou seja, a informação para sintetizá-los não estaria no DNA mas seria um produto indireto da expressão genética. No entanto, dados científicos já demonstraram que ambos são codificados como os 20 aminoácidos “clássicos”. Por que continuamos com o padrão “existem 20 aminoácidos codificados pelo nosso genoma”?

Uma explicação óbvia poderia ser: “o conhecimento é muito novo, por isso ainda não foi incorporado aos livros e é desconhecido por gente fora da área”.

Essa justificativa pode ser válida para a pirrolisina, identificada em bactérias do gênero Methanosarcina apenas em 2002, mas no caso da selenocisteína esse conhecimento está disponível desde a década de 1960! Qual é a explicação?

Aminoácidos através do espelho

Quem já estudou Biologia e nunca ouviu a frase “todos os aminoácidos biológicos (com exceção da glicina) são L-aminoácidos”?

quiral.jpgA nomenclatura D ou L vem da comparação estrutural com a molécula quiral do gliceraldeído. Quiral é o nome dado a moléculas que possuem um átomo de carbono ligado a 4 grupos químicos diferentes, de modo que sua estrutura não é sobreponível à sua imagem num espelho. É a distribuição espacial dos grupos químicos em torno desse carbono quiral que denomina, em comparação às formas do gliceraldeído, os aminoácidos L ou D.

Voltando à questão: em biologia sempre teremos L-aminoácidos, certo? Errado!

Em mais um inexplicável caso, desde a década de 1940 são conhecidos D-aminoácidos em organismos vivos. Inicialmente identificados nas paredes celulares de bactérias Gram-positivas, a suspeita da existência biológica desses aminoácios existia desde a década de 1930, quando foi descoberta uma enzima de mamíferos chamada D-aminoácio oxidase EC 1.4.3.310.

A suspeita é lógica: porque haveria uma enzima especializada em D-aminoácidos se os mesmos não participassem no metabolismo desses animais? Como esperado, algum tempo depois foram identificados e quantificados D-aminoácidos nos fluidos corporais de vertebrados. Novamente: porque esse conhecimento não foi atualizado?

O que justifica essa defasagem do ensino? Tomara que as atualizações dos livros de Biologia não demorem muito mais tempo, afinal, a situação já está ficando feia!

Notícias:

Referência:

SILVA, João J. R. Fraústo da  and  SILVA, José
Armando L. da. D-aminoácidos em biologia: mais do que se julga. Quím. Nova [online]. 2009, vol.32, n.2 [cited  2011-01-20], pp. 554-561 (Link para a versão PDF.)

Resenha: “Pequenas Maravilhas: como os micróbios governam o mundo.” (Editora Zahar)

Agraciado pela Associação Americana para o Progresso da Ciência com o título de “Melhor livro científico para jovens” de 2010, esse lançamento da Editora Zahar tem como principal trunfo o cuidado do autor, Idan Ben-Barak, em transmitir do modo mais claro possível uma variedade enorme de conteúdo sobre os microrganismos e algumas de suas características mais interessantes.

capa_peqmaravilhas.jpgConsiderando esse cuidado com o texto e o grande volume de informação, é de se esperar que o livro não traga conhecimento aprofundado dos tópicos. Nas palavras do autor:

“… se eu entrar em explicações detalhadas e rigorosas sobre ideias e termos biológicos, gastaria muito tempo e muito papel, este livro se tornaria um livro acadêmico e eu acabaria perdendo o leitor.”

Assim, o resultado desse esforço é um ótimo livro para novos interessados em Ciências. A riqueza de exemplos e algumas das facetas que os habitantes mais antigos da Terra podem apresentar certamente deixarão os leitores com um sorriso de orelha a orelha.

Imaginem organismos que sobrevivem a mais de 130°C, se multiplicam na agradável temperatura de 100°C e nadam o equivalente humano a 150 m/s… além de inquestionavelmente interessantes, são apenas a ponta do iceberg de tudo o que o livro contém em suas 264 páginas!

Em outra análise, professores que queiram cativar suas salas de aula também podem encontrar em “Pequenas Maravilhas…” e seus exemplos “excêntricos” grandes aliados na muitas vezes árdua tarefa de tornar alguns tópicos de Ciência interessantes para adolescentes.

Mesmo alunos de graduação acadêmicos de áreas que não a Microbiologia encontrarão diversão e conhecimento em um texto leve e muito bem estruturado.

Desse modo, resta sugerir que todos se divirtamcom a enorme gama de formas, mecanismos de sobrevivência e interação com o ambiente que esses pequenos (micro, na verdade) organismos de 3,8 bilhões de anos podem ter.

Mais informações e outros títulos da editora no site http://www.zahar.com.br/!

Ciência em acrílico sobre tela.

É muito satisfatório ver manifestações artísticas com inspiração científica. Recentemente descobri (de modo muito atrasado e por acaso, confesso) o excelente Shardcore. Se você também não conhece, deixo a apresentação para o dono do espaço:

Gosto de atuar na interface entre arte e ciência, entre o proibido e o inefável. Atualmente trabalho principalmente com pintura, mas às vezes é vídeo, às vezes é música. O Shardcore é um processo de experimentação estética em andamento, você nunca sabe qual será o próximo passo, e frequentemente, eu também não.

Um exemplo do material é a genial pintura com três gigantes da Biologia. Ou quatro, dependendo do referencial (e não, eu não estou me referindo ao Lamarck).

lamarck_haekel_darwin.jpg

Da esquerda para a direita: Lamarck, Haeckel, Darwin e, claro, a girafa.

Adaptei a explicação do autor sobre a tela:

“A frase é uma citação de Sherlock Holmes:

Quando você elimina o impossível, qualquer coisa que permaneça, por mais improvável que seja, deve ser a verdade.

Parece improvável a cena em que 3 cavalheiros vitorianos dividem um pouco d´água com uma girafa, mas não é necessariamente impossível…

Todos conhecem Darwin e sua teoria baseada na seleção natural como promotora do processo evolutivo, apesar de a mesma ser apenas parte das faces da evolução.

Jean-Baptiste Lamarck foi contemporâneo a Darwin e sugeriu que a evolução ocorria pela transmissão de traços desenvolvidos durante a vida de um indivíduo de uma geração para a seguinte. Um de seus exemplos foi de que a girafa esticaria seu pescoço para alcançar folhagem mais alta, e o estiramento produziria descendentes de pescoço mais longo. Sua teoria, o Lamarckismo, é geralmente ridicularizada pois a genética Mendeliana apóia somente a combinação de material genético durante a seleção sexual, mutações ocasionais e “a sobrevivência do mais adaptado”.

Haeckel, claro, é conhecido pela afirmação “a ontogenia recapitula a filogenia”, ou seja, a ideia de que um embrião em desenvolvimento expressa todos os seus antepassados evolutivos sequencialmente durante esse processo, o que com o tempo mostrou-se um certo exagero.

O novo campo da epigenética postula um mecanismo para a ativação e inativação de genes dentro do período de vida de um indivíduo, sendo que essas alterações na expressão gênica podem ser transmitidas a gerações futuras. Isso, até certo ponto, pode ser considerado um caso específico de Lamarckismo.

E de onde vem esses genes que podem ser ´ligados´ e ´desligados´? Ora, nosso genoma, além de conter as instruções para formar um ser humano, também contém grandes partes de informação de nossos antepassados evolutivos. É possível que até certo ponto Haeckel também estivesse certo?

Todos eles sem dúvida teriam uma teoria sobre como uma criatura como a girafa se desenvolveria. E, talvez, dadas as devidas proporções, todos os três possam estar parcialmente certos.”

Conheçam outros exemplos de arte inspirada em ciência no ótimo Shardcore.org!

PS: Volta e meia nos arriscamos a falar de arte, veja outros exemplos em:

Vidro, maçarico e a real aparência das coisas.

Um biólogo metido a crítico na Bienal de Arte e Tecnologia.

UMF, música eletrônica e ciência.

Curioso sobre a opinião do Sharcore sobre Lamarck? Acesse http://scienceblogs.com.br/rnam/2008/03/quem-disse-que-lamarck-esta-errado.php

Como uma proteína chega à sua forma? Pergunte ao seu PS3!

gamer-evolution.jpg
Você é gamer e não aguenta mais ouvir reclamações sobre o seu vício grande comprometimento com jogos? Bote seu hardware para ajudar pesquisadores e ganhe a oportunidade de devolver um sonoro “pelo menos meu equipamento também ajuda no progresso científico, e a sua novela?!” para algum pentelho de plantão.

screenshot_folding.jpgPara isso, basta participar do projeto Folding@Home, idealizado pela Universidade Stanford.

Lançado em Outubro de 2000, tem como objetivo simular o enovelamento de proteínas e compreender como elas atingem sua estrutura tridimensional de modo tão rápido e, ainda assim, bastante confiável.

As proteínas, como sabemos, são fundamentais à vida. A queratina, por exemplo, é uma proteína importante de nossas unhas e cabelos, os anticorpos que garantem nossa defesa contra infecções são proteínas e só conseguimos respirar oxigênio de modo eficiente porque outra proteína, a hemoglobina, se encarrega de transportar e trocar oxigênio e gás carbônico em nosso corpo.

Exemplificando apenas uma fração de suas funções é fácil entender sua importância e imaginar que, caso ocorra algum defeito em determinada proteína, problemas podem surgir. É o que acontece nas doenças da vaca-louca (chamada, na verdade, de Encefalopatia Espongiforme Bovina), de Alzheimer, Parkinson e muitas outras. Entender como cada proteína adquire sua forma é fundamental para a comprenssão e talvez até para o tratamento de um grande número de doenças.

O problema
Para se pesquisar o enovelamento dessas moléculas são necessários computadores muito potentes caros. Além disso, é um processo bastante demorado. Apesar de algumas proteínas serem “montadas” em um milésimo de segundo, uma simulação de computador é muito complexa.

Um dia de computação é suficiente para simular 1 nanosegundo (um milionésimo de segundo), mas como o enovelamento ocorre aproximadamente em 10 microsegundos, ou seja, 10 mil nanosegundos. Nesse ritmo, a simulação acima demoraria algo em torno de 10 mil dias… mas quem tem 30 anos para esperar pelo resultado de um experimento?

A solução
É aqui que entra o Folding@Home e você, da sua casa, pode contribuir: para se dimunir esse tempo de espera absurdo é preciso “apelar” para algo chamado dinâmica distribuída.

O grupo do projeto desenvolveu algoritmos que dividem o trabalho de simulação por múltiplos processadores. Cada participante do projeto que descarrega o software do Folding@Home em seu computador/PS3 conecta seu hardware a um supercomputador virtual encarregado de rodar esses processos!

Veja abaixo um dos resultados gerados na dinâmica molecular feita no projeto. Não parece, mas o pequeno vídeo abaixo é resultado de meses (pelo menos) de trabalho:

Abaixo, um vídeo hilário que ensina donos de sonho de consumo PlayStation 3 a participarem:

Para conhecer os frutos que essa iniciativa gerou até hoje visite http://folding.stanford.edu/English/Papers e dê uma olhada no resumo de alguns dos trabalhos publicados pelo grupo.

A página principal do projeto é http://folding.stanford.edu/English/Main, conheça mais e faça parte dessa grande iniciativa!

Tenha uma overdose de leitura científica com a abertura dos arquivos da Royal Society londrina!

Para certificar que estou vivo e esse post não foi programado antes de uma possível abdução/sequestro, achei legal repassar uma dica do Marco Evolutivo que chegou fresquinha no Gmail.

Para as comemorações da Open Access Week (a “Semana do acesso aberto”), que acontece entre 18 e 24 de Outubro, a Royal Society de Londres vai disponibilizar todo o seu conteúdo até o dia 30 de Novembro, quando completa 350 anos de existência.

sample_cover.jpg.gifA sociedade real londrina foi fundada em 1662 e seus arquivos contém material datado de 1665, quando foi publicada a edição inaugural do primeiro do periódico científico do mundo, o Philosophical Transactions!

Como exemplos dos artigos publicados nessa edição história, temos:

  • An Accompt of the Improvement of Optick Glasses: sobre progressos no desenvolvimento de óculos.

Phil. Trans. 1665 1:2-3; doi:10.1098/rstl.1665.0003

  • An Experimental History of Cold: “experimentos” feitos por Sir Robert Boyle para determinar caraterísticas do frio.

Phil. Trans. 1665 1:8-9; doi:10.1098/rstl.1665.0006

  • Of the New American Whale-Fishing about the Bermudas: da época em que caçar baleias era “elementar, meus caros”.
    Phil. Trans. 1665 1:11-13; doi:10.1098/rstl.1665.0009

Espero que tenham gostado da dica.

Quem se interessar sobre a progressão histórica da ciência não deve perder a chance de examinar em detalhe uma das maiores publicações especializadas da história!

Doutoradices…

Eu e o Rafael, hoje, via GTalk:

eu: vou clonar 2 enzimas e fazer o possível para conseguir os cristais

Rafael: vixi, mas cristalizar demora anos, nao?

eu: depende, de qualquer modo, a clonagem e expressão já me garantem; se o cristal não sair, paciência

Rafael: ah tah, era isso q tinham me dito… ninguem baseia um doc em cristalização de prot, pq é meio loteria

eu: se eu der sorte…

Rafael: como sorte nao é o forte de cientistas, melhor ter um plano B

eu: eu tenho B e até C, se tudo der errado consigo 2 papers hahahahahahahahahhahaa
se der 2 papers prá eu pegar os diplomas de mestre e de doutor já fico feliz… VDM

Rafael: vdm? é, eu vou sair no máximo com 3

eu: (vida de m#r%a)

Rafael: falta interação aqui no laboratório, pelo menos artigo um ja saiu

eu: ainda tenho 3 anos e muita coisa pode acontecer, pode vir mais colaboração, por exemplo, ou algumas coisas podem dar mais certo, sei lá… é muito cedo
mas o plano mínimo é esse que te falei agora… eu não devia dizer isso, mas não é possível que dê TUDO errado né

Rafael: tudo nao, mas comigo deu quase tudo errado hehehe… mas isso sou eu

eu: mas vc tem uma publicação, tá valendo… eu não tô nem perto ainda (por mais que minha chefe diga que estou)

Rafael: hahahah, que f$da essas historinhas

eu: ela fica pedindo “e o teu paper, escreveu? fica o dia inteiro no computador, deve ter escrito uns 3 já, cadê ele?” e eu respondo “profa. ainda estou terminando os experimentos que a senhora pediu”

Rafael: hahahaha

eu: aí diz “quero mandar o artigo em fevereiro/março/abril/maio/junho/julho/agosto quando eu sair da correria”, “a gente tem que mandar seu trabalho, tem que mandar, mandar, mandar”
e eu respondo “não tá prontooooooo”
hahahahah
o dia a dia é mais ou menos esse
daí ela viaja e na volta fala “cadê teu paper?”, daí eu respondo “sabe aquele experimento que a senhora pediu? fiz e não deu em nada”
“vamos mandar com esses resultados mesmo então, cadê o paper?”
“professora, ainda faltam os resultados, disso, disso e disso aqui…” hahahaha, é f#da

Rafael: hahahahaha
publica esse diálogo, tá muito engraçado…

Pois é, e esse diálogo engraçado pode ser resumido em uma imagem:

DoubleFacePalm.jpg

Tem coisa que só o doutorado faz por você…

Vida animada (literalmente).

Compartilho com vocês uma animação que ilustra, de acordo com seus criadores, “um ponto de vista não científico do início e evolução da vida… e como provavelmente ela terminará.”

Não vou ser chato e ficar criticando eventuais falhas científicas, o vídeo é conceitualmente simples mas muito legal para ilustrar o andamento das coisas.

BIG BANG BIG BOOM – the new wall-painted animation by BLU from blu on Vimeo.

Para os que gostam de stop-motion é um prato cheio. Para quem adora o
vídeo de “Do the evolution”, do Pearl Jam, aí está uma nova abordagem de
um tema muito parecido.

Espero que gostem, vale os 10 minutos de duração!

Direção e animação: BLU (blublu.org)
Produção e distribuição:
ARTSH.it (artsh.it)
Trilha sonora:
ANDREA MARTIGNONI