Jamboré Brasil!

Jamboré

Quem diria. A um ano atrás estávamos nós fazendo vaquinha virtual pra levar o Brasil para a competição internacional de máquinas geneticamente modificadas e hoje, ainda na luta, podemos compartilhar o fardo herdado da Unicamp de representar a ciência tupiniquim no iGEM. Que lindo isso.

Mais lindo ainda √© que as equipes de Manaus, Belo Horizonte e S√£o Paulo s√£o amiguinhas! Numa das competi√ß√Ķes mais bizarras do mundo (o iGEM) o conceito de competi√ß√£o tamb√©m √© “distorcido”: ganha mais quem colabora mais – o “distorcido” deveria ser exatamente o contr√°rio na ci√™ncia mundial hoje em dia, mas deixa pra l√°! E √© por isso que n√≥s vamos nos reunir no primeiro encontro nacional de equipes do iGEM: para trocar experi√™ncias, fazer networking, se conhecer melhor e conversar bastante sobre coisas nerds, como Biologia Sint√©tica, √© claro. Afinal, a gente faz o que a gente ama, n√£o √© mesmo!?

Enfim! N√≥s das equipes do Brasil, que estamos aqui na ra√ßa, na gana, na teimosia pra fazer um Brasil e, “de tabela”, um mundo melhor, abrimos esse encontro de jovens interdisciplinares e amantes de biotecnologia para todo mundo! Sim, aqui na USP, em S√£o Paulo! √Č o “Jambor√©”! Porque Jamboree √© “nas gringa” [fora do pa√≠s], aqui √© Jambor√©!

Local e Data

Tudo vai acontecer neste s√°bado, dia 17 de Agosto, no Instituto de Qu√≠mica, no famigerado “Queijinho” (ou, Complexo Ana Rosa Kucinski, como foi rebatizado recentemente), sala A2. Veja o mapa aqui:

Visualizar Jamboré! em um mapa maior

Cronograma

As atividades v√£o ser de manh√£ e a tarde. Atividades infinitas!

Hor√°rio Atividade
10H – 10:30H Abertura: “Biologia Sint√©tica, iGEM e Brasil”
10:30 Р12:00 Apresentação dos projetos brasileiros no iGEM 2013
12H Р14H Almoço
14H Р15:30H Play-teste de Jogo de Cartas sobre Biologia Sintética
15:30H – 15:50H Coffee-Break
15:50H Р17H Mesa Redonda sobre a formação das equipes do iGEM no Brasil

 

Pessoas de todas as √°reas s√£o bem vindas. Aqui interdisciplinariedade (e discuss√Ķes estranhas) s√£o nossa especialidade. N√£o esperamos que voc√™ saiba nada de Biologia Molecular ou modelagem matem√°tica, para qualquer d√ļvida n√≥s vamos estar ali para ajudar. Ou a piorar. Depende do ponto de vista.

O evento é aberto a todos fora e dentro da comunidade USP. Então se quiser um programa nerd de qualidade esse final de semana, venha para a Cidade Universitária!

Brincando de Comparar Códons

Sou daquelas pessoas que simplesmente n√£o conseguem dormir direito com um mist√©rio. Essa √© uma obsess√£o que provavelmente muitos cientisas (e “wannabe scientists”, como eu) t√™m. √Äs vezes ficamos obcecados com uma coisa muito importante, √†s vezes com uma coisa banal e muitas vezes com algo que voc√™ nunca parou para pensar direito. O mais emocionante √© que qualquer resposta de uma d√ļvida tem aquela probabilidade m√°gica de revelar algo impressionante ou bem √ļtil. Hoje (dia dessa postagem), fiquei obcecado por tentar entender “na pr√°tica” qual √© a grande ideia da otimiza√ß√£o de c√≥dons e o quanto os organismos podem ter prefer√™ncias de c√≥dons diferentes.¬† Aqui est√° o registro da investiga√ß√£o do pequeno mist√©rio de hoje!

C√≥dons, Otimiza√ß√Ķes e Prefer√™ncias

Antes de discorrer sobre o que andei brincando. Uma pequena contextualiza√ß√£o ao intr√©pido viajante sobre o que s√£o c√≥dons, porque eles precisam ser otimizados e o que diabos √© essa “prefer√™ncia de c√≥dons”.

C√≥dons s√£o os trios de combina√ß√Ķes de letrinhas A,T,C e G do DNA (os nucleot√≠deos) que, depois de transcritos a RNA (em que a grande diferen√ßa √© que os “T’s” s√£o substitu√≠dos por “U’s”), s√£o literalmente traduzidos em amino√°cidos; ou seja: tr√™s nucleot√≠deos codificam um¬† amino√°cido. A grande coisa dos c√≥dons √© que eles s√£o redundantes: existe mais de uma maneira de um amino√°cido espec√≠fico ser traduzido √† partir dos trios de nucleot√≠deos. Os cientistas fizeram uma tabela espertinha que “decodifica” nucleot√≠deos em amino√°cidos:

codons_aminoacids_table

Comece lendo do centro até às bordas do círculo combinando as letras que você for olhando pelo caminho. Por exemplo: U+A+C = Tyr, abreviação de Tirosina.

¬†Mas a√≠ voc√™ se pergunta: “Querida Natureza, qual √© o prop√≥sito disso!?”. A redund√Ęncia da leitura de amino√°cidos tem uma implica√ß√£o muito importante na conserva√ß√£o do c√≥digo gen√©tico; ela √© a √ļltima barreira espertinha da contra muta√ß√Ķes no DNA. Imagine que o “C” do c√≥don UAC que traduz uma Tirosina fosse mutado e virasse um “U” (dando UAU): gra√ßas √† redund√Ęncia de tradu√ß√£o, o amino√°cido Tirosina ainda continua sendo traduzido! Pra¬† se ter uma ideia de como isso √© importante, uma √ļnica substitui√ß√£o de amino√°cidos (o que pode acontecer com uma √ļnica muta√ß√£o de nucleot√≠deos) j√° pode gerar doen√ßas (pesquise sobre Anemia Falciforme).

Enfim, concluindo: existem muitos c√≥dons que podem ser traduzidos em diferentes tipos de amino√°cidos. Como existem muitas op√ß√Ķes, diferentes organismos costumam a ter prefer√™ncias por diferentes c√≥dons para traduzir amino√°cidos espec√≠ficos – por exemplo: n√≥s Humanos adoramos traduzir Arginina como AGA e AGG, j√° uma das bact√©rias do nosso coc√ī, a E.coli, acha muito mais interessante traduzir Arginina como CGU e CGC. Vai entender esses procariotos viu!

Mas porque isso acontece? Porque evolutivamente cada espécie foi selecionada em um ambiente particular, o que implica em diferentes necessidades de estabilidade do DNA em diferentes contextos, e portanto diferentes porcentagens de C e G, e A e T no genoma. Essas porcentagens direcionam quais códons os organismos preferem.

Por causa de tudo isso, quando algum cientista vai fazer o design de um peda√ßo de DNA, √© preciso colocar a sequ√™ncia no contexto do organismo a ser utilizado, deixando os c√≥dons “otimizados” para cada ser vivo – caso contr√°rio, os genes inseridos no organismo ser√£o pouco ou nada expressos.

Investigando leveduras

Mais profundamente, resolvi brincar dessas coisas querendo responder uma pergunta: “O qu√£o compat√≠vel os c√≥digos gen√©ticos de duas esp√©cies de leveduras podem ser?”. No caso, Pichia pastoris e Saccharomyces cerevisiae.

Primeiramente eu entrei no “Codon Usage Database“. Procurando por Pichia e Saccharomyces, o site d√° uma tabela com a frequ√™ncia de se encontrar determinado c√≥don a cada mil pares de base. Eu peguei os resultados e coloquei num site chamado “Text Diff”¬†– ele compara dois textos e mostra as diferen√ßas e igualdades entre os dois. Com a compara√ß√£o, dei print screen e destaquei as frequ√™ncias mais discrepantes entre as duas esp√©cies de levedura, obtendo o seguinte diagrama:

Comparação Pichia e Saccharomyces - códons

Texto em vermelho: Pichia. Texto em Verde: Saccharomyces. Laranja Рdiferença de 4 a 5; Rosa Рdiferença de 6 a 9; Amarelo Рdiferença acima de 10; Códons circulados Рfrequências iguais.

Fui atrás de cada códon, procurando o que codifica. Cheguei na seguinte tabela:

 Pichia Versus Saccharomyces Table

Eu chamei de “efici√™ncia de c√≥dons” o qu√£o os c√≥dons de Pichia funcionam em Saccharomyces, tomando como “c√≥dons incompat√≠veis” aqueles com diferen√ßa de no m√≠nimo 4 entre as frequ√™ncias de c√≥don em cada esp√©cie (a marca√ß√£o em amarelo na imagem de compara√ß√£o das frequ√™ncias) – tamb√©m estou tomando como hip√≥tese que h√° uma rela√ß√£o direta entre frequ√™ncia de c√≥don e a prefer√™ncia do mesmo por determinada esp√©cie. Cheguei nesses valores atrav√©s da porcentagem do n√ļmero de c√≥dons “compat√≠veis” (totais –¬† incompat√≠veis). De 20 amino√°cidos poss√≠veis, apenas 7 seriam seus c√≥dons prontamente compat√≠veis.

Ambas as espécies são leveduras, e por isso eu esperava uma maior compatibilidade natural. O problema é que eu não tenho um controle para saber se a usagem de códons de cada levedura é realmente discrepante. Por isso, fiz a mesma comparação entre Pichia e E.coli. Como esses organismos são bem mais diferentes (um é eucarioto e outro procarioto), esperei uma diferença bem maior. (veja imagem abaixo)

Comparação Pichia e Ecoli - códons

Texto em vermelho: Pichia. Texto em Verde: E.coli. Laranja Рdiferença de 4 a 5; Rosa Рdiferença de 6 a 9; Amarelo Рdiferença acima de 10; Códons circulados Рfrequências iguais.

Legenda: Laranja Рdiferença de 4 a 5; Rosa Рdiferença de 6 a 9; Amarelo Рdiferença acima de 10; Códons circulados Рfrequências iguais.

Como esperado, d√° pra ver claramente o quanto E.coli e Pichia s√£o diferentes em compara√ß√£o com Pichia e Sccharomyces. Nesse panorama, eu diria em Pichia e Saccharomyces s√£o bem parecidas. Quanto mais compara√ß√Ķes forem feitas mais certeza se ter√° do qu√£o um organismo se parece com outro.

Otimização de Códons

Apesar de eu n√£o ter certeza da rela√ß√£o direta entre frequ√™ncia e prefer√™ncia de c√≥don, consegui observar coisas muito interessantes: a √ļnica inviabilidade de tradu√ß√£o correta entre Pichia e Saccharomyces de amino√°cido √© o Glutamato, em que as frequ√™ncias de todas as possibilidades de c√≥dons n√£o entram na minha classifica√ß√£o de “c√≥dons compat√≠veis” (diferen√ßa de frequ√™ncia menor que 3). O resto dos c√≥dons podem ser compatibilizados entre esp√©cies usando-se vers√Ķes alternativas de c√≥don para um mesmo amino√°cio! ūüôā

Quando se otimizam c√≥dons para deixar um plasm√≠deo compat√≠vel em diferentes plataformas, faz-se exatamente isso. O problema √© que mesmo assim a express√£o ainda n√£o √© √≥tima, ent√£o em geral prefere-se “sacrificar” a compatibilidade do plasm√≠deo em diferentes esp√©cies para se ter um plasm√≠deo com os melhores c√≥dons em cada bichinho.

Existem vários programas que fazer essa otimização de códons rapidamente, mas em geral as empresas que sintetizam DNA já incluem isso (de graça ou não) no planejamento do plasmídeo a ser sintetizado.

Conclus√£o

Por fim, a conclusão que tirei disso tudo é: eu ACHO que um gene de Pichia funcionaria suficientemente bem em Saccharomyes e vice-versa. No caso de não conseguirmos sintetizar os genes que precisamos já códon-atimizados, talvez valha a pena fazer uma mistureba de DNA interespécies Рmas só para as leveduras!

Experiência em Biologia Sintética РMonique Gasparoto

Entrevista feita por Mira Melke.

A Biologia Sintética é extremamente motivadora. Para provar isso e para mostrar o quão importante e distinta pode ser uma experiência em Biologia Sintética acima do equador convidei uma amiga, companheira dos tempo de Biomol (Ciências Físicas e Biomoleculares) para escrever um pouquinho para a gente. 

Quem fala agora é a Monique:

Monique

Biologia sintética: impossível não se apaixonar!

Minha hist√≥ria com a Biologia Sint√©tica come√ßou como toda hist√≥ria de amor, umas paquerinhas para c√°, um google search para l√°, mas nada muito s√©rio. A primeira vez que ouvi falar da √°rea foi em 2009, quando nem havia descri√ß√Ķes em portugu√™s. O amor adormeceu enquanto eu me desdobrava para ser aprovada em todas as disciplinas do curso de Ci√™ncias F√≠sicas e Biomoleculares da USP de S√£o Carlos, do qual atualmente sou aluna do √ļltimo ano. Envolvi-me em outra √°rea de pesquisa, o mundo continuou a andar, mas quando eu menos esperava fui me reencontrar com minha paixonite dos tempos de caloura.

Como bolsista do programa Ci√™ncias sem Fronteiras, passei um ano na Boston University e al√©m da incr√≠vel experi√™ncia de interc√Ęmbio, tive a oportunidade de trabalhar no laborat√≥rio do professor Doug Densmore (CIDAR) e fazer parte do time do iGEM da Boston University. Eu n√£o poderia sonhar em um lugar mais incr√≠vel para me aproximar da Synbio: estar em Boston onde as primeiras bases da √°rea foram lan√ßadas, fazer pesquisa em um laborat√≥rio exclusivamente de Biologia Sint√©tica – em que todo mundo tem o site do Registry nos favoritos(!), assistir a palestras e semin√°rios dos pesquisadores refer√™ncia da √°rea, como o Jim Collins, com quem divid√≠amos espa√ßo de laborat√≥rio , visitar o Headquarters do iGEM e muitos outros aspectos me fizeram ter a certeza de que a Synbio veio para ficar n√£o s√≥ na minha vida, mas certamente na de todos os que a conhecem.

O projeto que desenvolvemos para a competi√ß√£o trabalhava os tr√™s pilares do iGEM: constru√ß√£o, caracteriza√ß√£o e compartilhamento das informa√ß√Ķes do Registry. Para isso introduzimos na competi√ß√£o o m√©todo de Clonagem Modular (MoClo) descrita por Weber et al, propusemos um protocolo de caracteriza√ß√£o padr√£o para circuitos com prote√≠nas fluorescentes usando citometria de fluxo e esbo√ßamos uma p√°gina comum a ser usada no Registry em que as¬† informa√ß√£o sobre as partes poderiam ser geradas automaticamente a partir do Clotho, uma plataforma para Biologia Sint√©tica desenvolvida pelo meu orientador, Doug Densmore.¬† Mais detalhes voc√™s podem conferir na nossa Wiki.

Foi um per√≠odo de aprendizado intenso, porque era a primeira vez que o Densmore Lab apoiava um time de WetLab, a tradi√ß√£o dos anos anteriores era o time de software. √Čramos dois alunos de gradua√ß√£o orientados por tr√™s alunos de doutorado e uma p√≥s-doc, e nunca imaginei participar de um ambiente t√£o colaborativo e estimulante. √Č claro que parte disso √© devido √† excelente estrutura do laborat√≥rio e √†s facilidades dos meios de pesquisa, quem n√£o ficaria feliz e contente com sequenciamentos de DNA que ficam prontos no mesmo dia e enzimas que chegam ao laborat√≥rio em no m√°ximo 48h ap√≥s a encomenda!? Mas o diferencial dessa experi√™ncia veio da oportunidade de vivenciar um ambiente de apaixonados por Biologia Sint√©tica e perceber como eles desenvolvem suas pesquisas: com muita compet√™ncia, muito estudo e muita motiva√ß√£o!

O que mais me cativa nessa √°rea da ci√™ncia que agrega √† biologia molecular conceitos e ferramentas da engenharia √© que t√£o importante quanto o conhecimento t√©cnico, √© a inova√ß√£o e a criatividade. Caracter√≠sticas que eu pude testemunhar de perto em todos aqueles que participaram do iGEM, e que ficaram ainda mais n√≠tidas quando na fase final da competi√ß√£o em Boston, times do mundo inteiro, desde do Leste Asi√°tico at√© a Am√©rica do Sul se reuniram para sonhar, discutir e compartilhar suas propostas para tornar o mundo melhor, ‚Äúone part at a time‚ÄĚ.

Talvez n√£o haja outro grupo de (malucos) cientistas que acredite tanto que seus projetos e conhecimentos podem mudar o mundo. A√≠ est√° o brilho da Synbio, que uniu pesquisadores de fronteira que n√£o queriam mais ficar confinados √†s suas especialidades, mas decidiram sair de sua zona de conforto e ousar e empreender em grupos multidisciplinares. ¬†A ousadia desses bi√≥logos sint√©ticos √© t√£o grande que s√£o capazes de investir cifr√Ķes de patroc√≠nio e meses de trabalho em uma competi√ß√£o em que o grande pr√™mio, aos olhos dos mais c√©ticos, √© somente um BioBrick gigante. √Č como dizem por a√≠, a biologia sint√©tica tem raz√Ķes que a pr√≥pria raz√£o desconhece.

A biologia sintética pode tornar sua bebida mais segura? Reloaded РParte 2

Como o Pedro disse no v√≠deo publicado no √ļltimo post, eu vou tratar da parte um pouco mais cabeluda de se fazer um projeto: os problemas!
Nesse v√≠deo abaixo (que eu me esforcei para caber em quase 10 min), o meu trabalho foi explorar os outros contaminantes presentes nas bebidas “n√£o comerciais” (ou falsificadas): o carcinog√™nico carbamato de etila e o cobre.

O grande e emocionante desafio dessa parte √© estimar a viabilidade no projeto com base em alguns par√Ęmetros, como pre√ßo das t√©cnicas, acessibilidade a equipamentos, o know-how que temos e principalmente o tempo que tudo isso ir√° tomar at√© setembro (!!).

Com apenas as pesquisas que fizemos, tentei delinear informa√ß√Ķes importantes e determinantes para sabermos se o projeto √© fact√≠vel ou n√£o, com base em questionamentos simples, como: “Se tivermos uma amostra com uma bebida com o m√°ximo de contaminantes permitidos por lei, o sistema ir√° responder com os n√≠veis de atividade g√™nica que temos!?”.

O objetivo do “produto final” n√£o √© ser um detector como um cromat√≥grafo, da mesma maneira que o seu computador pessoal n√£o foi feito com o objetivo de ser um “Pensador Profundo“. A ideia aqui √© explorar √© criar um detector extremamente barato e descart√°vel, sem a necessidade de se encomendar an√°lise ou de comprar aparelhos caros. O “p√ļblico alvo” da tecnologia em pesquisa √© o cidad√£o comum. √Č o “Seu Ant√īnio” da distribidora de bebidas da esquina, que quer avaliar a qualidade de um novo fornecedor; ou at√© mesmo a vigil√Ęncia sanit√°ria de uma cidadezinha de Minas Gerais, que quer avaliar a qualidade das chacha√ßas de um festival regional. Imagine essas pessoas indo no supermercado mais pr√≥ximo comprar um “fermento” que pode fazer essas an√°lises.

Enfim: estamos abrindo esse projeto a ideias, sugest√Ķes e principalmente cr√≠ticas. Estamos precisando daquelas pessoas que nos digam que √© imposs√≠vel, mas que argumentem o melhor poss√≠vel suas opini√Ķes. Ao contr√°rio de muitos alunos de p√≥s-gradua√ß√£o, n√≥s adoramos que “falem mal” das nossas ideia de pesquisa – desde que seja pra gente! Apesar de aparentemente contradit√≥rio, √© assim que os projetos se tornam tang√≠veis.

Assistam o v√≠deo para descobrirem os furos que j√° encontramos da proposta do primeiro v√≠deo e o que estamos fazendo para “tap√°-los”:

[youtube_sc url=”http://www.youtube.com/watch?v=YkjQHUoDRDU”]

Corre√ß√Ķes e Observa√ß√Ķes do V√≠deo:

Empreendedorismo, Inovação e Biologia Síntetica

 

Escrito por: Mira Melke
empreendendo em biologia sintética

A princípio, traçar um paralelo entre empreendedorismo e biologia sintética pode ser um pouco complicado, principalmente se pensarmos em complexidades de projetos e na falta de investimento em pesquisa que  temos aqui no Brasil advinda da iniciativa privada.

A¬† vis√£o de n√£o investir em pesquisa e inova√ß√£o est√° se alterando e hoje grandes empresas j√° olham para as universidades como fontes¬† de tesouros ‚Äď gera√ß√£o de conhecimento e m√£o-de-obra especializada. Mas n√£o s√£o apenas as grandes empresas que podem se beneficiar desse crescimento da pesquisa. Universit√°rios com boas ideias e atitudes empreendedoras est√£o mostrando que inovar √© o primeiro grande passo para o sucesso. Com aux√≠lio de incubadoras ou investidores muitos jovens das forma√ß√Ķes mais distintas levantam-se dos bancos das salas de aulas e laborat√≥rios e assumem um novo posto: o de empres√°rio.

A biologia sint√©tica surge como uma ferramenta muito interessante para aqueles que gostam de inovar e tem boas ideias. Apesar da aparente complexidade, os processos laborat√≥rias est√£o cada dia mais baratos e ‚Äúautomatizados‚ÄĚ permitindo que sejam desenvolvidos processos metab√≥licos em organismos como se desenvolve uma linha de produ√ß√£o numa empresa. Saber usar a¬†maquinaria¬†celular (enzimas, por exemplo) ao nosso favor pode ser a diferen√ßa entre processos qu√≠micos demorados e caros ou uma s√≠ntese biol√≥gica com baixo custo, alta produtividade, pureza e rapidez.

Muitas √°reas diferentes podem se beneficiar do estudo da biologia molecular de forma automatizada e muitos exemplos da aplica√ß√£o de¬†microrganismos¬†podem ser citadas: alimentos, combust√≠veis, f√°rmacos at√© mesmo circuitos el√©tricos j√° receberam suas contribui√ß√Ķes dos organismos geneticamente modificados. Apesar de pensar que a biologia sint√©tica pode transformar o mundo, podemos come√ßar transformando nossas vidas com¬†ideias simples mas lucrativas, como fez o grupo vencedor do iGEM de 2012 que desenvolveu um¬†detector para carne em decomposi√ß√£o¬†e como fizemos ao desenvolver o¬†plasm√≠deo plug and play¬†e como pretendemos fazer agora em 2013 com os projetos que estamos come√ßando a desenvolver.

Para ajudar a ilustrar, vou dar um exemplo, mas sem nome de pessoas ou compostos. (rs) ¬†O laborat√≥rio de um dos meus professores encontrou uma bact√©ria capaz de produzir uma subst√Ęncia antioxidante que acreditava-se ser produzida apenas por plantas. O custo de planta√ß√£o, extra√ß√£o e purifica√ß√£o da subst√Ęncia √© bastante alto e isso faz com que o valor de mercado dessa tal subst√Ęncia seja muito elevado. Identificar, isolar e manipular os genes respons√°veis por essa propriedade t√£o √ļnica da bact√©ria e transferi-los para um organismo mais conhecido e manipul√°vel, como a E.coli pode significar uma grande economia para produ√ß√£o, uma patente e um lucro gigantesco para aquele que conseguir produzir em um frasco num shaker quantidade similar do composto que √© produzida por uma fazenda inteira.

E aí? Vamos ficar ricos com a Biologia Sintética? Não sei, mas essa já é uma boa ideia.

Neurobiologia Sintética

Interciência

Esse post √© parte da blogagem coletiva “interCi√™ncia“. O Amigo Oculto dos Blogs de Ci√™ncia Brasileiros! Algum blogueiro da primeira rodada escreveu esse post para o SynbioBrasil e eu escrevi um post para um dos blogs participantes (a lista dos blogs ficar√° dispon√≠vel em breve no Raio-x). Atrav√©s do estilo e tema (dentro do assunto Biologia Sint√©tica) do post, quem voc√™ acha que escreveu esse presente que o SynbioBrasil ganhou!? Ali√°s, algu√©m suspeita de qual post fui eu que escrevi num dos blogs participantes!? Vejamos o que o nosso amigo secreto escreveu para o synbiobrasil, com voc√™s, o autor desconhecido!

Ao entrar na brincadeira proposta pelo InterCi√™ncia, n√£o imaginava o quanto iria me interessar pela √°rea estudada pelo meu blog parceiro. Como o blog trata de uma tem√°tica ainda pouco conhecida por mim, tive que, agindo como um bom cientista, estudar e pesquisar bastante para poder entender o que √© essa tal Biologia Sint√©tica e, com uma pitada da minha especialidade (Psicologia, Neuropsicologia e Psicobiologia), escrever um post que agradasse a todos e fizesse uma boa s√≠ntese dos nossos temas. E cada vez que lia mais sobre as possibilidades para essa ci√™ncia ia tamb√©m me encantando com ela. E, sem amarras para o meu esp√≠rito imaginativo, escrevo para voc√™s sobre…

Neurobiologia Sintética:

A neurociência que realizará os sonhos da literatura de ficção científica!

As neuroci√™ncias s√£o as ci√™ncias que tem ocupado maior destaque na m√≠dia nos √ļltimos anos, avan√ßos consider√°veis sobre as nossas capacidades cognitivas e funcionamento cerebral a todo o momento surgem e provocam grande mobiliza√ß√£o da m√≠dia e mesmo do p√ļblico em geral. Para entender o homem e suas nuances √© preciso ir al√©m das perguntas filos√≥ficas e, com ci√™ncia, entender o funcionamento do √≥rg√£o que gere todas as nossas fun√ß√Ķes mentais, corporais e mesmo aspectos subjetivos. Para adentrar neste mundo, apenas uma metodologia bem delineada n√£o seria o suficiente, o entendimento do c√©rebro ‚Äď esse √≥rg√£o maravilhoso ‚Äď precisa de muita tecnologia. A d√©cada de 90 ‚Äď escolhida como a d√©cada do c√©rebro ‚Äď trouxe uma infinidade de instrumentos que poderiam ser utilizados para esse entendimento e, com eles, ainda mais perguntas e possibilidades.

Como n√£o sou especialista na √°rea da Biologia Sint√©tica, as limita√ß√Ķes t√©cnicas n√£o me impedem de imaginar maravilhas com o que os cientistas da √°rea poderiam fazer quando relacionada com as ci√™ncias do c√©rebro. Criar um organismo de materiais que nos possibilitaria fazer de forma mais efetivas as tarefas di√°rias ao aumentar a nossa percep√ß√£o e sensa√ß√£o, exacerbar as nossas capacidades mnem√īnicas, aumentar de forma inimagin√°vel o processamento cognitivo e assim nos dar agilidade, intelig√™ncia e, com uma maior conectividade e plasticidade neural, aumentando e melhorando a psicomotricidade, reabilita√ß√£o cognitiva e, bom, para ilustrar, nos tornando mais ou menos isso aqui:

intercienciapost - 1


fonte: http://robertatkinsart.blogspot.com.br

Hum… Seria realmente √≥timo ter um uniforme como o do Venom criado em laborat√≥rio a partir das t√©cnicas da Biologia Sint√©tica, ainda mais quando se retiraria a problem√°tica da perda progressiva de sanidade proveniente da influ√™ncia telep√°tica-neural de um organismo alien√≠gena, mas seria isso apenas uma viagem de um aficionado pela literatura de fic√ß√£o cient√≠fica?

Na verdade não. Já existe uma série de projetos se propondo a aperfeiçoar a ligação entre o cérebro e os outros sistemas do corpo, além da criação de sistemas neurais e tecnológicos que nos permitam ir além da capacidade do nosso frágil corpo.

E nesse quesito, um brasileiro é um dos nomes mais próximos de criar algo parecido com esta proposta.

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Nicolelis

Miguel Nicolelis é professor de Neurobiologia e Engenharia Biomédica e co-diretor do Centro de Neuroengenharia da Universidade de Duke e é atualmente o brasileiro mais próximo de ganhar um Nobel com suas pesquisas sobre a interface cérebro-máquina.

Com seus estudos, Nicolelis conseguiu mapear as ondas el√©tricas disparadas pelo c√©rebro, e assim, desenvolveu experimentos onde seus parceiros ‚Äď como costuma chamar os animais que o ajudaram ‚Äď podiam mover bra√ßos mec√Ęnicos apenas com o pensamento. A proposta de Nicolelis √© que na abertura da Copa do Mundo do Brasil de 2014, o chute inicial seja dado por uma crian√ßa parapl√©gica, utilizando uma esp√©cie de exoesqueleto.

Se a interface cérebro-máquina já está tão perto de ser desenvolvida, poderíamos olhar com esperança para a criação também de uma interface cérebro-organismo-sintético. E este passo, só seria possível de realizar com o empreendimento de esforços de neurocientistas dispostos a conhecer mais a Biologia Sintética.

Observando as possibilidades, consigo sonhar um pouco mais. C√©rebros artificiais! A Neurobiologia Sint√©tica poderia finalmente nos presentear com um c√©rebro totalmente artificial, digno dos melhores livros de Isaac Asimov, com todas as compet√™ncias cognitivas necess√°rias para a premissa Cartesiana: Penso, logo existo. Personalidade, cogni√ß√£o, mem√≥ria e consci√™ncia sendo moldada pelas m√£os de cientistas e, posteriormente, se desenvolvendo em pleno relacionamento com o ambiente em que este c√©rebro fosse inserido, possibilitando n√£o s√≥ um entendimento ainda maior do nosso funcionamento mental e aprendizagem, como abrindo portas para, quem sabe, investiga√ß√Ķes mais elegantes para os temas mais espinhos da ci√™ncia atual, como o Alzheimer, a Esquizofrenia ou o Autismo. Ou mesmo temas que n√£o parecem t√£o complexos, mas ainda guardam d√ļvidas diversas a serem respondidas, como ‚ÄúPor que dormimos?‚ÄĚ ou ‚ÄúPor que sonhamos?‚ÄĚ.

Ainda que exista o medo do senso comum com as possibilidades de cria√ß√£o da Biologia Sint√©tica ‚Äď vemos isso observando as not√≠cias relacionadas que saem na m√≠dia quando tratam da √°rea, normalmente utilizando termos como ‚ÄúLaborat√≥rios Frakenstein‚ÄĚ ou ‚ÄúCientistas brincando de Deus‚ÄĚ ‚Äď isso n√£o deveria ser um impedimento para os avan√ßos tecnol√≥gicos e cient√≠ficos. Muito pelo contr√°rio, ensinar e apresentar √† popula√ß√£o as vantagens dos trabalhos na √°rea se faz cada vez mais necess√°rios, pois qualquer √°rea da ci√™ncia que ainda esteja dando os seus primeiros passos ‚Äď mesmo que grandiosos ‚Äď enfrenta o ceticismo e temor do senso comum, para depois ‚Äď caso tenha condi√ß√Ķes cient√≠ficas reais e tang√≠veis ‚Äď crescer e contribuir para a humanidade. Apenas consigo enxergar os empreendimentos da Biologia Sint√©tica somados √†s Neuroci√™ncias como um caminho de desenvolvimento grandioso para a humanidade.

E assim, como os escritores que escreviam um mundo tecnol√≥gico em prol da humanidade em suas fic√ß√Ķes cient√≠ficas, s√≥ nos resta sonhar. E como os profissionais dedicados ao conhecimento, fazer ci√™ncia.

 

Este texto √© parte da primeira rodada do InterCi√™ncia, o interc√Ęmbio de divulga√ß√£o cient√≠fica. Saiba mais e participe em: http://scienceblogs.com.br/raiox/2013/01/interciencia/

Referências:

Blog SynbioBrasil

EASEC. Biologia Sintética: Uma Introdução. 2011. www.easec.edu

iGEM 2012 Latin America: Aquilo que realmente importa

f√ļria de maca

La f√ļria de Macarena en Bogot√°!

Esse √© o quarto e √ļltimo post da minha prolixa descri√ß√£o de como foi a fase da Am√©rica Latina do iGEM de 2012. Quatro posts s√£o at√© pequenos para realmente explicar tudo o que aprendemos e o que √© realmente importante nisso tudo, mas espero que esses posts possam servir como refer√™ncia para futuros times do iGEM na organiza√ß√£o de suas equipes para competi√ß√Ķes futuras – pelo menos eu espero que hajam mais times brasileiros nos iGEMs futuros! Haha!

Os “finalmentes” da Competi√ß√£o

Festa

A organiza√ß√£o colombiana foi realmente muito boa. Al√©m do fato da Universidade dos Andes ter uma das melhores infra-estruturas que j√° vi em uma universidade, a organiza√ß√£o do iGEM latino criou um grupo de volunt√°rios sensacional que possibilitou muitas coisas legais durante o Jamboree. Uma dessas coisas foi uma festa logo ap√≥s a apresenta√ß√£o dos p√īsteres em um dos lugares mais malucos que j√° vimos: o bar/baladinha/restaurante/”campo recreativo”/churrascaria “Andres carne de res“, que fica em Chia, uma cidade perto de Bogot√°.

Mauro A. Fuentes çlvarez

Um exemplo da “maluquice” do Andres carne de res

Esse lugar √© completamente maluco porque parece uma pintura viva de Salvador Dal√≠: cheia de coisas nonsense que ao mesmo tempo pareciam ter um sentido maluco obscuro. As mesas, ao inv√©s de n√ļmeros, t√™m nomes. Os gar√ßons e gar√ßonetes usavam um avental marrom propositalmente remendado que parecia ter sido emprestado de um a√ßougue. E o mais bizarro (e engra√ßado) de tudo: a cada meia hora os banheiros masculino e feminino invertiam a restri√ß√£o de g√™nero; ent√£o se voc√™ foi em um banheiro em um momento e quiser ir de novo depois, √© preciso checar se ele ainda √© masculino/feminino (dependendo do seu sexo, √© claro) antes de entrar. Craziness! Eu poderia fazer um post s√≥ sobre esse lugar! Mas o que realmente importa aqui √© pudemos interagir bem melhor e conhecer mais pessoalmente os outros participantes da Am√©rica latina do iGEM. A organiza√ß√£o acertou em cheio em um lugar para impressionar os estrangeiros.

Cerim√īnia de Premia√ß√£o

Depois de termos feito uma t√≠pica e inc√īmoda barulheira-no-fundo-do-buz√£o brasileira na volta da festa (com direito a “fulano-roubou-p√£o-na-casa-do-jo√£o”), dormimos muito pouco e fomos sonolentos tentar nos orientar no confuso sistema de transporte transmilenio num dia de domingo.

A Universidade dos Andes (assim como provavelmente a maioria das universidades do mundo) estava semi-desértica no domingo. Fiquei preocupado se cairia narcolepticamente em sono pesado durante a premiação, o excelente café colombiano e a animada organização evitaram que isso acontecesse.

Antes de apresentarem os resultados e anunciarem os finalistas, houve uma pequena apresenta√ß√£o de v√≠deos dos projetos do iGEM e depois algo que me foi particularmente constrangedor: cada time escolhia um hombre e uma mujer para ir ao palco dan√ßar um dos ritmos latinos caracter√≠stico da col√īmbia (n√£o sei diferenciar qual porque para mim todos s√£o iguais). Adivinha quem o Brasil escolheu… Por motivos de preserva√ß√£o de imagem, vou me limitar apenas uma foto do ocorrido e n√£o o material de chantagem que meus colegas filmaram.

Baila Macarena!

Baila Macarena!

¬†Ah! S√≥ um detalhe: intencionalmente ou n√£o, eles escolheram um par para dan√ßar justamente de pa√≠ses¬† com praticamente nada a ver com os ritmos que os outros representantes da Am√©rica latina compartilhavam: Brasil e Argentina! Samba e Tango! Nada a ver com “os mambos”! E ainda de pa√≠ses rivais no futebol!

¬†¬†Pois bem. Depois desse pre√Ęmbulo vexaminoso, a organiza√ß√£o (por algum motivo obscuro) ficou adiando constantemente o an√ļncio das medalhas, nos dizendo para termos paci√™ncia e esperarmos um pouco. Isso s√≥ serviu para escancarar a ansiedade nos olhos e nas conversas paralelas do grupo brasileiro. Como eu tinha dito no primeiro post,¬† eu sinceramente n√£o achava que levar√≠amos ouro. Acho que alguns do time tamb√©m n√£o, mas naqueles momentos vivos da cerim√īnia de premia√ß√£o a vontade de querer acreditar que era poss√≠vel se inflava. Eu me controlava para ser racional e me apegar a uma s√©rie de pensamentos que havia tecido em momentos de menor tens√£o. Resolvi me entregar ao esporte de twittar os acontecimentos antes do twitter do iGEM LA o fazer. Na verdade, eu estava mesmo preocupado como seria a rea√ß√£o das outras pessoas do nosso time ao recebermos os resultados.

Special Prizes

Primeiro foram anunciados os ganhadores dos special prizes. Basicamente, o time colombiano e um mexicano levaram quase todos os special prizes. E o best presentation ficou para o time chileno, como j√° esper√°vamos (e que relatei nesse post aqui). Confira os resultado abaixo:

Finalistas

O an√ļncio dos finalistas veio em um slide s√≥ e com todo o sensacionalismo que tem direito: uma anima√ß√£o para cada time sendo mostrado entre as quatro classifica√ß√Ķes poss√≠veis: ouro, prata, bronze e no medal.

Naqueles segundos entre uma revela√ß√£o e outra, o meu c√©rebro fez aquilo que os c√©rebros adoram fazer com os humanos em momentos decisivos: passar um inconveniente filminho de acontecimentos e sensa√ß√Ķes que nos levou at√© ali. Pensei no crowdfunding. Pensei em quando o Mateus teve que deixar o grupo para trabalhar na Braskem. Pensei nas reuni√Ķes quase “miadas” que organizei. Pensei em como eu me agarrei t√£o forte e teimosamente √†quele sonho depois que sa√≠ do Ci√™ncias Moleculares. Pensei nos dias decisivos em que consegui juntar ao barco pessoas important√≠ssimas para o grupo. Pensei nos problemas de laborat√≥rio. Pensei nas discuss√Ķes. Pensei nas jogadas de cintura para resolver os problemas que encontr√°vamos. Pensei nos nossos erros. Pensei em tudo o que tivemos que fazer para conseguir dinheiro para a viagem. Pensei que represent√°vamos universidades cheias de renome. Pensei que represent√°vamos o Brasil. Pensei no que significava estar ali n√£o s√≥ pra mim, mas para todos os outros malucos que foram comigo at√© l√°. Pensei que √©ramos brasileiros.

Enfim. Como vocês devem ter percebido a minha ingênua capacidade de ver os fatos analiticamente e sem emoção foi pra cucuia. Ao vermos o resultado da medalha de prata, fui invadido por uma sensação de trabalho cumprido. Não fiquei triste. Por incrível que pareça, todo aquele turbilhão de pensamentos desaguou na preocupação de como o grupo estava recebendo aquela notícia, e naquele momento, eu vi o quão teimosos e incríveis nós fomos. Nós fomos brasileiros.

Resultados do Jamboree LA

Resultados do Jamboree LA

Pós iGEM

Depois de algumas expectativas confirmadas e outras confrontadas, chegamos a um consenso de que tínhamos mandado bem. Como disse no primeiro post, não se mede o progresso até onde se chegou, mas de onde se saiu até onde se foi. O que importa é a derivada!

Depois da cerim√īnia eu via em muitos rostos aquela caracter√≠stica cara de digest√£o mental de pensamentos. Essa cara s√≥ ganhou outro molde na tradicional foto do Jamboree, onde todos os times posam para uma √ļnica foto.

Jamboree Photo

Jamboree Photo

E ainda pudemos tirar fotos com os times que mais conversamos durante a competição: Panamá, Argentina e um do México.

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Nós e o time panamenho.

Nós e os chilenos e argentinos - viva el Mercosul!

Nós e os chilenos e argentinos Рviva el Mercosul!

Apesar de o Fernando, o nosso representante da Unesp, ter ido embora no mesmo dia, nosso grupo se dividiu entre aqueles mortos de cansaço e aqueles que estavam chutando o balde. Tive meu momento em ambos os grupos.

Antes de podermos descansar, a organização ainda se deu ao agradável trabalho de organizar uma visita ao Museo del Oro e ao centro histórico de Bogotá.

Visitando a praça Simón Bolivar.

Visitando a praça Simón Bolivar.

Nós, colombianos, mexicanos e a profa. Tie.

Nós, colombianos, mexicanos e a profa. Tie.

Durante isso aproveitamos e conversamos bastante com uma ju√≠za brasileira da competi√ß√£o, Tie Koide. Simp√°tica, ela respondeu a todos os questionamentos sobre o julgamento dos times que povoaram a mente do grupo ap√≥s a cerim√īnia de premia√ß√£o. Algumas (n√£o todas) confirma√ß√Ķes de expectativas foram:

  • Sim, a wiki ficou boa – apesar de estar faltando algumas coisas…
  • Sim, os resultados do Plug’nPlay foram convincentes!
  • Sim, aquela pergunta-de-quem-n√£o-entendeu-nada que nos apareceu p√≥s apresenta√ß√£o foi realmente vista como se n√≥s n√£o soub√©ssemos o que est√°vamos fazendo.

J√° algumas coisas que n√£o corresponderam ao que esper√°vamos foram:

  • N√£o, a Human Practices n√£o estava OK. Acho que o que fizemos com o Blog e o Clube de Biologia Sint√©tica foi sensacional nos par√Ęmetros brasileiros, mas se olhando no par√Ęmetro internacional n√£o √© grande coisa. Talvez tenhamos sofrido com um pouco de descontextualiza√ß√£o: um site sobre Biologia Sint√©tica (o synbiobrasil) em um pa√≠s que praticamente n√£o tem nada disso causa bem mais impacto do que um site em um pa√≠s que j√° faz algo do tipo, como nos EUA por exemplo. Apesar disso eu concordo que dever√≠amos ter nos preocupado mais com essa parte.
  • A modelagem ficou OK, mas poderia ser melhor. O que eles est√£o procurando mesmo √© algo al√©m de equa√ß√Ķes diferenciais. N√£o fomos t√£o bem como poder√≠amos por uma certa ingenuidade em n√£o saber ao certo como eles nos iriam avaliar.

No dia seguinte, dia que iríamos embora, aproveitamos e nos encontramos com algumas pessoas da organização com quem fizemos amizade e fomos dar mais uma volta por lugares históricos de Bogotá. Foi ótimo para tirar um pouco o stress.

O que realmente importa

Nos reunimos cerca de uma semana depois na USP para conversarmos sobre o que todos tinham aprendido com aquilo tudo; sobre quem ainda ia continuar na empreitada, o que precisava ser mudado, quais s√£o os novos planos e etc. Uma das coisas que mais me tocou foi saber aquilo que tinha ficado curioso em saber desde o dia da cerim√īnia de premia√ß√£o: o que diabos est√° se passando na cabe√ßa de todos!? Quando perguntei o que significou o iGEM para as pessoas do grupo, algumas pessoas disseram que era essa a √ļnica coisa que ainda a motivava a estar na universidade. Em meio a centenas de aulas meramente contemplativas, inicia√ß√Ķes cient√≠ficas desestimulantes (em que o aluno recebe o projeto pronto e n√£o tem liberdade de criar e fazer algo “seu” – dentro dos limites e a tem√°tica do lab em quest√£o, √© claro) e em um ambiente academicista desetimulador de atividades empreendedoras (pelo menos entre os institutos da maioria das pessoas envolvidas), o iGEM surgiu como a oportunidade dos alunos acharem seu prop√≥sito dentro da faculdade, de estimul√°-los a estudar, a criar, a fazer! Tamb√©m achei interessante que algumas pessoas s√≥ foram realmente entender o que √© o iGEM e todo o seu impacto s√≥ quando estavam l√° em Bogot√°.

O que realmente importa: as pessoas!

O que realmente importa: as pessoas!

Essa reuni√£o foi uma das reuni√Ķes mais importantes do Clube de Biologia Sint√©tica. Nela, ficou bem claro pra mim o que realmente importa – aquilo que √†s vezes se perde em meio ao stress e a prazos apertados. Como o Carlos¬†j√° havia me dito antes (mas s√≥ nesse momento percebi de verdade), a grande ideia do projeto em lab √© fazer as pessoas aprenderem e se desenvolverem como cientistas. O que vier al√©m disso √© lucro. Contudo o essencial √© isso: as pessoas. N√£o importa a medalha, a wiki, a apresenta√ß√£o, os experimentos e tudo mais se o que fazemos n√£o atinge direta ou indiretamente as pessoas, se n√£o √© uma oportunidade de mudar e gerar pessoas com capacidade de mudan√ßa.

Esperamos continuar a ser aquilo que fomos (e tentar melhorar um pouquinho mais!): teimosos, questionadores e pr√≥-ativos. Talvez assim consigamos manter acesa a chama da oportunidade de poder fazer algo diferente na academia, algo “com as pr√≥prias m√£os”, algo em busca de resultados. N√£o sei se vamos conseguir tudo isso, mas com certeza vamos fazer o que realmente importa: criar a oportunidade para pessoas crescerem e se reinventarem. Isso vale mais do que ouro.

iGEM 2012 – Projeto Campe√£o

Autor: Pedro Medeiros

O iGEM 2012 passou e muitas coisas interessantes rolaram. Falamos da fase regional, dos projetos que nela foram apresentados e das nossas impress√Ķes pessoais a respeito do evento mas, algo ainda falta ser mostrado!

Em uma s√©rie de 3 posts iremos falar um pouco sobre os grandes campe√Ķes do iGEM 2012, come√ßando pelo primeiro lugar: Groningen! O v√≠deo abaixo cont√©m uma uma apresenta√ß√£o dos principais pontos do projeto, bem como os fatores que, em nossa an√°lise, fizeram de sua campanha um sucesso.

O time de Groningen, uma universidade holandesa, foi campe√£o na fase regional europ√©ia, bem como levou os pr√™mios de melhor p√īster, melhor projeto em comida e energia e melhor apresenta√ß√£o com um projeto enxuto e muito bem delimitado. Um fato relevante diz respeito ao sucesso na cria√ß√£o de um produto real e de grande utilidade: Um dispositivo port√°til que sinaliza se a carne guardada em sua geladeira ainda est√° boa para ser comida ou se j√° est√° na hora de voc√™ se livrar desse f√≥ssil guardado em sua geladeira, haha.

Enfim, mais informa√ß√Ķes no v√≠deo abaixo! Enjoy!
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iGEM 2012 Latin America: Nossa Apresenta√ß√£o e P√īsteres

Nossa Apresentação

nossa apresentação 2

Depois de muito desespero nos preparando at√© o √ļltimo dia para fazer uma apresenta√ß√£o que coubesse nos 20 min, conseguimos apresentar conforme o programado. Deu tudo certo, foi uma maravilha (pelo menos pra mim, que n√£o foi a pessoa que apresentou, hohoho)!

O time argentino, que estava em outra em outra sala, foi para onde estávamos para especialmente assistir nossa apresentação. Foi bem motivador. Quem diria hein!? Argentinos!

Mercosul! (Nós, os chilenos e os argentinos)

Mercosul! (Nós, os chilenos e os argentinos)

A √ļnica coisa ruim nisso tudo foi na hora de responder a uma das perguntas para o projeto de Rede de Mem√≥ria Associativa: “Comos voc√™s v√£o saber que a mem√≥ria foi inserida no sistema!?”. Essa foi uma pergunta um pouco descocertante. N√£o porque n√£o sab√≠amos responder, mas porque ela demonstrou que o juiz que fez a pergunta n√£o entendeu muita coisa desse projeto – o que n√£o √© totalmente culpa do juiz. Eu particularmente n√£o entendi o que realmente estava sendo perguntado e n√£o consegui captar que parte o juiz n√£o entendeu. Tentei mostrar que a mem√≥ria ia ser “testada” pelo padr√£o de ativa√ß√£o ap√≥s o est√≠mulo de algumas popula√ß√Ķes, mas ficou parecendo que eu estava repetindo o mais do mesmo.

Em uma conversa com o Carlos Hotta (do Brontossauros em meu Jardim), ele me fez enxergar o que estava “na cara” o tempo todo: muito provavelmente para aquele juiz, “mem√≥ria” √© o ato de se captar uma informa√ß√£o e armazen√°-la. Nosso projeto era sobre uma mem√≥ria associativa; a mem√≥ria j√° estaria estabelecida inicialmente no sistema. As popula√ß√Ķes de bact√©rias n√£o iam captar e armazenar a informa√ß√£o, a informa√ß√£o j√° estaria armazenada. √Ä partir da mesma informa√ß√£o incompleta, as popula√ß√Ķes de bact√©rias iriam associar essa informa√ß√£o incompleta √† duas mem√≥rias. A informa√ß√£o mais “parecida” com uma das mem√≥rias iria ativar da mem√≥ria em quest√£o. O que o juiz deve ter se perguntado foi algo do tipo: “Antes de verificar a associatividade de mem√≥ria, como eles tem certeza que eles colocaram a mem√≥ria?”. O ponto √© que o plano n√£o √© “colocar” a mem√≥ria, ela j√° estaria l√° geneticamente, constru√≠da com a bact√©ria.

No final das contas, acho que os √ļnicos que entenderam esse projeto foram os argentinos mesmo!

O resto das apresenta√ß√Ķes

Depois de apresentarmos houve um coffee Break e trocamos de sala. Vimos a apresenta√ß√£o de um dos times de Monterrey (j√° comentados anteriormente) e depois do time chileno. O time do Chile foi a melhor apresenta√ß√£o do iGEM LA, sem compara√ß√Ķes!

UC Chile

Com a apresentadora mais carism√°tica de todo o iGEM latino, no maior estilo TED Talk, o time chileno come√ßou com o seguinte discurso: “N√≥s quer√≠amos produzir cerveja √† partir de leveduras em um ambiente mais pr√≥ximo ao de biorreatores, em um pH √°cido. Ent√£o procuramos um chassi que pudesse gerar esse ambiente. Pesquisando, descobrimos que o Drag√£o de Komodo tem as caracter√≠sticas que precisamos para isso. Quer√≠amos juntar os genes de levedura aos do Drag√£o de Komodo¬† e colocar junto um Operon de asa de morcego para criar um drag√£o que cospe cerveja!”. Isso causou um estarrecimento sem igual. Eles criaram um instante de falso cl√≠max que fez com que ningu√©m soubesse em que acreditar. Por pelo menos um segundo eu confesso que realmente imaginei um Drag√£o de Komodo cuspidor de cerveja – how cool is that!? O anti-cl√≠max foi quebrado usando-se como desculpa uma das fatalidades mais comuns do iGEM: o atraso na encomenda de DNA sintetizado para fazer o drag√£o da cerveja. Isso substitu√≠u o falso cl√≠max da apresenta√ß√£o por um momento subliminar – e absurdo, por causa do suposto projeto fora-da-realidade – de empatia pelo time chileno (do tipo: “Tamb√©m tivemos problema semelhante, bem vindo ao clube!”). A impress√£o causada por esse original e arriscado in√≠cio de apresenta√ß√£o¬† foi uma mistura de bom humor, empatia, descontra√ß√£o e quebra-gelo. Quando foram realmente falar do verdadeiro projeto que tinham realizado, os chilenos tinham conquistado a aten√ß√£o de todos no recinto de uma maneira completamente envolvente.

Apresentação do chile e seu migué do dragão de cerveja.

Apresentação do chile e seu migué do dragão de cerveja.

O projeto deles foi bem simples mas muito bem realizado. A constru√ß√£o que fizeram tinha como parte central os BioBricks desenvolvidos pelo time de Cambridge em 2010, que consistem basicamente de uma s√©rie de luciferinas¬†(prote√≠na fosforescente) de v√°rias cores – um desses BioBricks √© muito legal e bem √ļtil: um operon¬†que expressa luciferina sem que seja necess√°ria a adi√ß√£o de luciferase¬†para fazer a rea√ß√£o fosforescente acontecer (luciferase = $$$)! A grande idea deles foi implementar um sistema de bioluminec√™ncia em cianobact√©rias acoplado ao ciclo circadiano dos bichinhos. Em outras palavras, eles propuseram criar uma “biol√Ęmpada” que consiste de uma cultura de cianobact√©rias fotossintetizantes que durante √† noite produzisse luz. Seria como se ela “recarregasse” de dia para produzir luz √† noite.

Bioluminescência que o pessoal de Cambridge conseguiu.

Bioluminescência que o pessoal de Cambridge conseguiu.

Foram o primeiro time a clonar BioBricks com sucesso na esp√©cie de cianobact√©rias que utilizaram, al√©m de conseguir mostrar que a biol√Ęmpada de fato funciona como esperavam! Isso n√£o quer dizer que eles criaram um novo artigo de ilumina√ß√£o de interiores. O grande problema que impediu que o time chegasse at√© esse produto final √© a compatibilidade dos BioBricks – um dos grandes desafios da Biologia Sint√©tica. Devido a v√°rias quest√Ķes de ambiente celular, as prote√≠nas bioluminescentes n√£o brilharam com toda a intensidade que os ingleses de Cambridge conseguiram ao criar os BioBricks e testarem em E.coli, a express√£o n√£o estava otimizada para cianobact√©ria. Mas a prova de conceito foi feita, mesmo em baixa luminosidade! Esse foi um dos times que levou ouro e foi para a final. Bem merecido! Veja a wiki deles aqui.

Costa Rica-TEC-UNA

A primeira coisa que os cabisbaixos apresentadores do time costa-riquenho disseram foi: “N√≥s n√£o temos resultados.”. A equipe criada por incentivo do time panamenho, apesar de empolgada com o evento, estava bem abatida com os maus resultados. Ap√≥s uma estranha introdu√ß√£o da apresenta√ß√£o em forma de propaganda tur√≠stica da Costa Rica, a equipe falou de um projeto envolvendo produ√ß√£o de biodiesel¬† atrav√©s de triglicer√≠deos produzidos em R. Oppacus, que seriam liberados atrav√©s de um “mecanismo suicida” das bact√©rias; os triglicer√≠deos reagiriam com lipases secretadas por E.coli, a√≠ bastam umas rea√ß√Ķes qu√≠micas entre o produto dessa rea√ß√£o e etanol para produzir biodiesel. Por ser a √ļltima do evento, a apresenta√ß√£o ficou um pouco massante e cansativa. A wiki deles pode ser checada aqui.

P√īsteres

Como todo bom congresso, h√° a parte em que se apresentam os p√īsteres, e no iGEM n√£o foi diferente!

apresentando o poster

Foi uma excelente oportunidade para interagir melhor com as pessoas dos outros times e fazer perguntas espec√≠ficas sobre os projetos. Muitas pessoas ficaram interessadas por ambos os projetos e acho que a estrat√©gia de ter um projeto inovador e um projeto pragm√°tico at√© que funcionou com os p√īsteres. Apesar de termos feito uma gambiarra para arrumar umas imagens que estavam erradas no p√īster, nos sa√≠mos muito bem.

Haviam basicamente tr√™s tipos de ju√≠zes: o pragm√°tico, o curioso e o detalhista. O pragm√°tico √© aquele que duvida de tudo aquilo que √© teoricamente muito complexo e est√° interessado mesmo nos resultados experimentais. O curioso √© aquele que chega de fininho, observa durante um bom tempo o p√īster e faz perguntas capsiosas, mais com a inten√ß√£o de entender/aprender sobre o projeto do que inquirir as pessoas. O detalhista √© o que voc√™ mais sente confian√ßa nos par√Ęmetros de avalia√ß√£o: chega se apresentando, diz que vai cronometrar a explica√ß√£o e pede para fazer um “tour” pelo projeto para depois fazer as perguntas espec√≠ficas e vai anotando tudo em uma prancheta. N√£o explicamos t√£o bem para o avaliador pragm√°tico, mas nos demos relativamente bem com os outros dois tipos de avalidores. Eu fiquei orgulhoso por ter explicado “o que √© mem√≥ria” para um dos avaliadores curiosos que indagaram sobre o projeto de mem√≥ria associativa com bact√©rias. Talvez seja uma das poucas vezes que eu consegui fazer uma pessoa entender bem o projeto rapidamente.

Nosso poster: sim, tem texto demais.

Nosso poster: sim, tem texto demais.

Algumas pessoas do grupo acharam que o fato de precisarmos de tr√™s pessoas para explicar completamente o poster foi um ponto negativo. Eu discordo. Acho que √© importante que todos tenham uma no√ß√£o geral do projeto, mas n√£o creio que seja uma desvantagem se criar especializa√ß√Ķes na hora de apresentar, em que diferentes pessoas s√£o “cabe√ßas” de diferentes partes do projeto – e portanto cada um apresenta sobre sua √°rea. Isso s√≥ garante uma melhor explica√ß√£o do projeto em uma natural (e bastante comum) estrutura de grupo – que √© a especializa√ß√£o de pessoas em diferentes tasks dos projetos.

No pr√≥ximo e √ļltimo post sobre a experi√™ncia no iGEM 2012 n√£o vou falar de projetos, times, medalhas, competi√ß√Ķes e etc. Vou falar daquilo que se percebe e se ganha em um prazo mais logo e que, no final das contas, √© o mais importante. iGEM 2012 Latin America: Aquilo que realmente importa!

iGEM 2012 Latin America: Estivemos L√°!

√Č verdade que estivemos l√° mesmo. Pode acreditar!

USP &Unesp iGEM 2012 team

USP &Unesp iGEM 2012 team

Esse ano foi a primeira vez que houve um evento genuinamente da América Latina. A primeira divisão da competição em Jamborees regionais aconteceu no ano passado, durante a segunda participação brasileira pela Unicamp, mas as regionais para os latinos foram realizadas em Indianápoles, nos EUA.

Se voc√™ criar uma conta no Registry of parts, √© poss√≠vel ter acesso ao f√≥rum onde foi discutida onde seria a sede do evento regional na Am√©rica Latina em 2012. O Brasil at√© se ofereceu na √©poca atrav√©s das meninas do time da Unicamp de 2011, mas um time Panamenho e Colombiano j√° chegaram “com tudo”, apresentando propostas para tornar suas universidades sede do evento juntamente com uma an√°lise do transporte e hotelaria da regi√£o.

Bogot√°

Foi meio peculiar a sensa√ß√£o de explicar para as pessoas que encontr√°vamos na viagem que est√°vamos indo para a fase regional da “competi√ß√£o internacional de m√°quinas geneticamente modificadas”. Mas mais peculiar ainda foi a impress√£o de Bogot√°: uma metr√≥pole pouco vertical, com √īnibus engra√ßados, extremamente militarizada e com supermercados com produtos bem americanos (coisas grandes). Ah! E tem mais uma coisa que fomos perceber s√≥ depois de algum tempo: como motoristas colombianos curtem uma buzina!

Em Bogot√° quase todos os √īnibus t√™m uma cara bem maluca.

Em Bogot√° quase todos os √īnibus t√™m uma cara bem maluca.

Acreditem ou n√£o, o sistema de √īnibus de Bogot√° √© inspirado no de Curitiba. A grande diferen√ßa √© que em Curitiba aparentemente o neg√≥cio funciona, em Bogot√° n√£o – fiquei com saudade dos √īnibus e metr√īs de S√£o Paulo (menos da esta√ß√£o pra√ßa da S√©/Luz em hor√°rio de pico).

Fomos o √ļnico time a n√£o ficar no hotel recomendado pelos organizadores. Esse hotel cuidaria do nosso transporte at√© √† Universidade dos Andes, onde o evento aconteceu. Portanto, para eviar √°gio dos taxistas por causa da nossa cara de turista, usamos o sistema de √īnibus inspirado no an√°logo curitibano, o Transmil√™nio. S√≥ conseguimos sobreviver por l√° gra√ßas a nossa l√≠der de log√≠stica e tradutora Macarena – a chilena mais brasileira do iGEM.

Inscrição

O evento foi sediado na Univerdidade dos Andes, uma universidade particular com uma infra-estrutura sensacional (em alguns quesitos ganhava de “lavada” na USP), sendo uma das maiores universidades Colombianas.

U de Andes - terraço ecológico

Terraço ecológico da Universidade dos Andes. A infra-estrutura de lá é sensacional Рsó não é de graça!

Antes do evento em si, t√≠nhamos que fazer o check in da inscri√ß√£o para ganhar os cacarecos tradicionais de congressos. Foi o nosso primeiro contato com os outros times e tamb√©m quando caiu a ficha de muita gente: “caramba, √© o iGEM!”.

O pessoal do nosso time fez me sentir meio POP por me dizerem que haviam duas pessoas me procurando l√° j√° de cara. Minha rea√ß√£o mental habitual j√° engatilhou um “N√£o fui eu!”, mas descobri que se tratava da querida Meagan Lizarazzo (organiza√ß√£o do MIT) falando sobre minha inscri√ß√£o que ainda n√£o havia sido paga e do professor de Eng. Gen√©tica da Federal de Manaus, prof. Carlos Nunes, com quem trocava emails h√° tempos sobre Biologia Sint√©tica. O prof. Carlos Nunes acabou sendo o nosso “orientador posti√ßo” l√°. Ele deu um √≥timo apoio psicol√≥gico e acad√™mico durante todo o evento. Conversamos sobre projetos, ideias e principalmente sobre o futuro time da federal de Manaus no iGEM de 2013! √Č realmente uma honra enorme poder ter feito parte do est√≠mulo para o nascimento dessa nova iniciativa brasileira na competi√ß√£o. ūüôā

Times Participantes

A regional latina √© a menor das regionais. Nesse ano, apenas 13 times da regi√£o centro-sul (incuindo o m√©xico) da Am√©rica se inscreveram na competi√ß√£o. Em compara√ß√£o com o resto do mundo, houveram 60 times norte-americanos, 51 times asi√°ticos e 49 times europeus. A maioria dos times latinos era mexicano: 6 times; seguindo o retrospecto de tradi√ß√£o desse pa√≠s no iGEM, um dos primeiros da Am√©rica Latina a fazer parte de um dos eventos. Esse ano foi o de estr√©ia de outros dois pa√≠ses na cometi√ß√£o tamb√©m: Chile (que chegou “metendo-o-p√©-na-porta” no iGEM) e Argentina.

Após a inscrição, nos disponibilizaram uma sala e pizzas para treinarmos nossa apresentação. Ainda estávamos treinando  para falar tudo no tempo de 20 minutos de apresentação que taríamos Рnos treinos ainda estávamos estourando uns 5 minutos. Nesse momento o Carlos sacou seu celular e fez um pequeno registro do momento Рquando ainda estávamos decidindo como íamos dividir as tarefas e ensaiar a apresentação.

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Diferenças Culturais

Foi muito interessante observar o quanto n√≥s √©ramos culturalmente “isolados” do resto dos times participantes. V√≠amos uma integra√ß√£o cultural muito grande entre os outros pa√≠ses da Am√©rica Latina. Al√©m do fato de falarem a mesma l√≠ngua, eles compartilhavam gostos musicais parecidos e habilidades que n√≥s brasileiros n√£o temos, como dan√ßar mambo e todos aqueles g√™neros musicais tipicamente estereotipados como “latinos”, isso sem falar no “fen√≥tipo m√©dio” deles: n√≥s t√≠nhamos muita “cara de gringo” comparado com eles. Talvez o √ļnico outro time que compartilhava uma boa diferen√ßa cultural com os amigos andino-caribenhos foi o dos argentinos – com tamb√©m “cara de gringo” que n√£o manja dos mambos.

Conversei bastante com o time panamenho, um da universidade de Monterrey e com o time argentino. Aliás, o time argentino tinha um projeto (veja aqui, na wiki deles) com a mesma aplicabilidade que o nosso de Redes de Memória Associativa. Basicamente o nosso projeto era algo lindo e abrangente na teoria mas ambicioso demais na prática, o deles ela lindo e factível na prática, mas limitado na teoria (e portanto com uma abrangência de aplicabilidade menor).

Os abstracts que recebemos de todos os projetos do evento podem ser baixados aqui.

Apresenta√ß√Ķes que Assistimos

As apresenta√ß√Ķes dos trabalhos foram divididas em duas salas com duas comiss√Ķes julgadoras diferentes, fomos os terceiros a apresentar (veja o cronograma do evento).

UANL Mty-Mexico

A primeira apresenta√ß√£o foi de um dos times mexicanos. Foi a grande “injusti√ßa” do iGEM regional. Eles vieram com um projeto lindo e extremamente completo, mas n√£o puderam medalhar porque um de seus instructors n√£o preencheu corretamente os formul√°rios online – segundo o que os pr√≥prios membros do time mexicano nos disseram, ao encontr√°-los no aeroporto. √Č daqui que vem uma das “coisas que aprendemos” que listei no post anterior. Se eu tivesse feito parte desse time estaria chorando l√°grimas de sangue.

Foto da UANL apresentando sob nossa perspectiva.

Foto da UANL apresentando sob nossa perspectiva.

Apesar da ideia do projeto n√£o ser in√©dita, eles criaram um detector de ars√™nico com um design muito inteligente (para os ir√īnicos de plant√£o: isso n√£o √© um trocadilho), indo al√©m do simples sensor feito em 2006 pelo time de Edinburgo. Eles criram um sistema de segrega√ß√£o do ars√™nico com uma metaloprote√≠na¬†humana (rhMT) bem melhor que o time de Edinburgo de 2006 (que usava o fator de transcri√ß√£o ArsR), pois a rhMT se liga a seis mol√©culas de ars√™nico, enquanto o ArsR se liga apenas a uma. Otimizaram tamb√©m a internaliza√ß√£o de ars√™nico pelas c√©lulas expressando a porina¬†GlpF, que al√©m de facilitar o transporte de glicerol (qualidade por qual √© mais conhecida), tamb√©m importa ars√™nico (e antim√īnio! Mas isso n√£o vem ao caso). E para coroar (o que eu acho que foi o mais interessante),¬† eles criaram um sistema de recovery das bact√©rias com o ars√™nico captado: expressaram a prote√≠na ribossomal L2 nas membranas das E.coli, essa prote√≠na se adere fortemente √† superf√≠cies de s√≠lica; assim, as bact√©rias poderiam ser retiradas do meio por beads de s√≠lica¬†ou qualquer outra coisa de mesmo material! Vale a pena dar uma olhada na wiki deles¬†(que ali√°s, est√° complet√≠ssima e muito bonita) para tamb√©m saber mais dos sistemas de express√£o de prote√≠nas de membrana. E s√≥ para finalizar, eles ainda fizeram uma Human Practices “monstruosa”: criaram workshops de Biologia Sint√©tica e Modelagem de Sistemas Biol√≥gicos, deram confer√™ncias, organizaram palestras, foram a umas 5 High Schools, criaram um evento que uniu outros times do iGEM, chamado “Synthetic Rally“;¬† criaram outro evento chamado “T√ļnel da Biologia Sint√©tica“… Enfim: fizeram tudo e “um pouco mais” que podiam fazer em Human Practices. Deu d√≥ eles n√£o terem levado medalha por causa de uma bobeira – com certeza eles iriam para Boston e se dariam muito bem por l√°.

Panama INDICASAT

O projeto deles tinha uma aplicação importante, mas que também já não era tão novidade assim no iGEM: em 2007 o time Southern Utah fez exatamente a mesma coisa e ainda levou ouro!

Apresentação das simpáticas meninas panamenhas.

Apresentação de uma das simpáticas meninas panamenhas.

O desenvolvimento de um sensor r√°pido, barato e n√£o-t√≥xico de cianeto √© bem interessante para detec√ß√£o desse veneno. Aparentemente eles n√£o conseguiram chegar a resultados que pudessem ir al√©m de acrescentar informa√ß√Ķes √†s partes j√° existentes no Registry of Parts. Eles mostraram todos seus resultados na apresenta√ß√£o, uma vez que a wiki deles¬†n√£o tem informa√ß√£o nenhuma sobre os resultados do projeto. Levaram bronze!

Tec-Monterrey

O Instituto Tecnol√≥gico de Monterrey j√° tem tradi√ß√£o no iGEM. Esse ano veio com dois times, os quais conseguimos assistir ambas as apresenta√ß√Ķes. O primeiro que assistimos – o Tec-Monterrey EKAM – n√£o veio com muitas coisas novas, al√©m de ter uma wiki e apresenta√ß√£o um pouco “quadradinhas” demais, meio enroladas, sem ir muito direto ao ponto (bem diferente do time da UANL). A grande ideia do projeto desse time √© basicamente produzir terpen√≥ides¬†em levedura, aproveitando a via do Mevalonato existente em Pichia pastoris (uma esp√©cie de levedura), que produz os precursores necess√°rios para a s√≠ntese dos terpen√≥ides, veja a wiki desse time aqui. Ganharam silver medal!

Tec Monterrey wiki image

Wiki do time Tec-Monterrey (e n√£o do Tec-Monterrey EKAM!).

O outro time de Monterrey foi bem mais interessante. Apesar de terem atrasado muito na apresenta√ß√£o e precisarem dar um sprint no final para n√£o estourarem o tempo, o projeto deles foi muito interessante. Mesmo tendo sido em parte outro “repost” no iGEM – o time de Yale em 2011 trabalhou com a mesma coisa. Assim como n√≥s, eles levaram dois projetos diferentes. O “repost” em quest√£o √© a tentativa de produ√ß√£o de uma linhagem de E.coli que resista √† v√°rios ciclos de congelamento (usando a mesma prote√≠na usada pelo time de Yale), j√° o projeto original foi a produ√ß√£o de v√°rios al√©rgenos¬†em levedura para serem extra√≠dos e serem usados como um kit de detec√ß√£o de alergias. O sangue seria pingado em uma superf√≠cie com os al√©rgenos e em resposta haveria fluoresc√™ncia verde caso haja resposta al√©rgica – feito atrav√©s de uma GFP fusionada ao al√©rgeno. Legal n√©!? D√™ uma checada na wiki deles aqui. Assim como n√≥s, levaram classifica√ß√£o de prata.

Mas o mais legal mesmo foi poder conhecer a Anita Sifuentes, uma mexicana super simp√°tica que ficou respons√°vel pelo design da wiki do time de Monterrey (o segundo mencionado). Ano que vem ela estar√° aqui no Brasil e esperamos poder trabalhar com ela! (Tomara que sim!)

No pr√≥ximo post vou contar um pouco de como foi nossa apresenta√ß√£o e falar dos dois outros times que assistimos depois de apresentarmos. Os v√≠deos, apresenta√ß√Ķes e p√īsteres da fase regional ainda n√£o est√£o online, mas os fase mundial j√° est√£o. Voc√™ pode dar uma checada neles na p√°gina do evento!